לאחר תיאור בניית הארון, מוגדרת תכליתו המרכזית: הארון אינו כלי שנועד להקרבת זבחים, אלא משמש ככלי קיבול לשמירת דבר ה' [ספורנו]. הציווי להניח את העדות בתוך הארון משמש גם כהסבר להוראה הקודמת, לפיה אסור להסיר את בדי הארון (מוטות הנשיאה) מטבעותיהם. מכיוון שהארון מכיל את העדות, יש לנהוג בו בקדושה יתרה ולהימנע ממשמוש בו או מהזזתו שלא לצורך [הדר זקנים, דעת זקנים, חזקוני].
המילים אֶל הָאָרֹן מתפרשות על ידי רוב הפרשנים במשמעות הפשוטה של "בתוך הארון" [רש"י, מזרחי, חזקוני, ביאור יש"ר, קאסוטו, שטיינזלץ]. עם זאת, יש מי שמדייק בבחירת המילה אֶל במקום "בתוך", ומסביר כי היא רומזת לשברי הלוחות הראשונים. מכיוון ששברי הלוחות לא היו העיקר, הם הונחו בארון באופן שולי או תחת הלוחות השלמים, ולכן התאימה להם לשון המורה על סמיכות [הכתב והקבלה].
במוקד הציווי עומדת הנחת הָעֵדֻת. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהעדות היא לוחות הברית, שעליהם חקוקים עשרת הדיברות [רשב"ם, אבן עזרא, ביאור יש"ר, קאסוטו, שטיינזלץ]. מנגד, גישה אחרת סבורה כי המילה הָעֵדֻת מתייחסת לתורה כולה [רש"י, שד"ל]. פרשנים רבים התקשו בגישה זו, שכן ספר התורה נכתב רק בסוף ארבעים שנות הנדודים במדבר, בעוד שהארון נבנה בתחילתן. כדי ליישב זאת, יש המסבירים כי עשרת הדיברות שעל הלוחות נחשבים לתמצית התורה כולה [משכיל לדוד], או שהציווי כאן כלל היתר עתידי למשה להניח גם את ספר התורה בתוך הארון או לצידו, לכשייכתב [שפתי חכמים, גור אריה, לבוש האורה].
למשמעות המילה הָעֵדֻת ניתנו מספר רבדים רעיוניים:
ראשית, הלוחות משמשים כעדות וכשטר ברית בין ה' לישראל, בדומה לשטר כתובה המופקד בידי נאמן [רשב"ם, רש"י, אבן עזרא, קאסוטו]. מנהג עמי הקדם היה להניח את מסמכי הבריתות שלהם תחת רגלי הפסלים במקדשיהם, כדי שהאלים יהיו עדים לברית. בישראל אין כל פסל, אך הארון נחשב ל"הדום רגליו" של ה', ובתוכו הופקדה ונשמרה תעודת הברית המקורית [קאסוטו].
שנית, העדות נועדה לדורות הבאים, כהוכחה חיה להתגלות ה', מתוך ידיעה מראש שיהיו בעתיד ספקנים שיזדקקו לעדות זו [רש"ר הירש].
שלישית, המילה נדרשת מלשון אזהרה והתראה, שכן התורה מזהירה את האדם כיצד לנהוג [שד"ל, הכתב והקבלה].
כמו כן, יש הקושרים את המילה לשורש י.ע.ד, המבטא את הייעוד והחיבור שנוצר בין ה' לישראל [העמק דבר].
פירוש ייחודי נוסף גוזר את המילה הָעֵדֻת מהמילה "עדי" (תכשיט), המבטאת את יופייה, שלמותה וערכה העצום של התורה [הכתב והקבלה].
הפסוק נחתם במילים אֲשֶׁר אֶתֵּן אֵלֶיךָ, בלשון עתיד. פרשנים רבים תמהו על כך, שהרי הלוחות הראשונים כבר ניתנו ונשברו על ידי משה. מכאן מסיקים הפרשנים שהפסוק מכוון ללוחות השניים, שעתידים להינתן למשה ולהיות מונחים בארון כעדות לכך שה' סלח לישראל על חטא העגל [אבן עזרא, ריב"א, שפתי כהן, לבוש האורה, ברכת אשר]. לשון הנתינה – אֶתֵּן – מדגישה גם את ערכה של התורה כמתנה יקרה. הארון הפיזי, גם אם הוא מצופה זהב, אינו כלי שראוי מצד עצמו להכיל את התורה הרוחנית, ולכן הכנסת התורה לתוכו נחשבת כמתנה מאת ה' [אלשיך], שבה פעולת הקבלה עצמה היא התכלית [הכתב והקבלה].