רשימת התרומות למשכן נחתמת בפריטים היקרים ביותר, האבנים הטובות. מיקומן בסוף הרשימה, לאחר חומרים פשוטים וזולים בהרבה, מעורר פליאה. [אור החיים] מסביר זאת בכמה אופנים. ראשית, הנשיאים הביאו את האבנים רק בסוף מלאכת האיסוף, ומתוך הקפדה על שיהוי זה, הוריד ה' את דרגתן בכתוב. שנית, האבנים הובאו באורח פלא על ידי עננים משולחנו של ה' ללא טורח או חסרון כיס, ולכן הוצבו לאחר התרומות שדרשו מאמץ והוצאה אישית מצד בני ישראל. בנוסף, האבנים נועדו לבגדי הכהונה, שקדושתם קלה יותר מזו של כלי המשכן גופם.
הפסוק מחלק את האבנים לשני סוגים ולשני יעדים. הפרשנים מסכימים כי יש לקרוא את הפסוק בהצלבה, כך שאַבְנֵי שֹׁהַם נועדו לאֵפֹד, ואילו אַבְנֵי מִלֻּאִים נועדו לחֹשֶׁן. הקדמת האפוד לחושן בפסוק נובעת מכך שהכנת האפוד קודמת בזמן, אף שמעלת החושן גדולה יותר [העמק דבר].
אַבְנֵי שֹׁהַם מזוהות כאבנים שגונן צהבהב חום [ביאור שטיינזלץ], אך סביב משמעות הביטוי אַבְנֵי מִלֻּאִים וצורת שיבוץ האבנים התפתחה מחלוקת פרשנית ענפה.
הגישה המרכזית, אותה מוביל [רש"י] יחד עם [רשב"ם] ו[רלב"ג], מפרשת את המונח מלשון מילוי. לפי גישה זו, האומנים עשו מושב זהב כמין גומא, והאבן הונחה בתוכו כדי למלא את החלל. האבנים נקראו כך משום שהן מילאו את עומק המשבצת בדיוק נמרץ, לא פחות ולא יותר [ברכת אשר על התורה], או משום שהן מילאו את כל שטחו של החושן [בכור שור, גור אריה].
מנגד, [רמב"ן] חולק על תיאור זה מכל וכל. לדעתו, לא ייתכן שהאבנים הונחו בתוך גומא שהסתירה את יופיין והדרן. הוא מתאר שיבוץ שבו עושים מושב תחתון וממנו יוצאים מזלגות או שיני זהב האוחזים את האבן, כדי שתיראה מכל צד. לאור זאת, הוא מפרש את המילה מִלֻּאִים מלשון שלמות. האבנים היו חייבות להיות שלמות לחלוטין כפי שנבראו בטבע, מבלי שנחצבו או נחתכו, שכן שלמותן שומרת על סגולתן הרוחנית. דרישה זו יצרה אתגר שנידון גם אצל [רבנו בחיי] ו[צאינה וראינה], כיצד ניתן לחרוט את שמות השבטים על האבנים מבלי לחסר מהן. הפתרון לכך היה שימוש בתולעת השמיר הפלאית, ששרטטה את האותיות ובקעה את האבנים מאליהן ללא שימוש באזמל.
פרשנים שונים ניסו לגשר על הפער בין הגישות או להוסיף להן גוונים. [הכתב והקבלה] מציע ששני השמות מעידים על שתי טכניקות שיבוץ שונות. אַבְנֵי מִלֻּאִים היו אבנים שלמות ששובצו בתוך גומא, ואילו אַבְנֵי שֹׁהַם היו אבנים מנוקבות שהושחלו על גבי חוט או מסמר זהב. הבדל נוסף מוצג על ידי [פענח רזא] ו[ברכת אשר על התורה], הטוענים כי אבני החושן מילאו את המשבצות והיו מיושרות עמן, בעוד שאבני השוהם שבאפוד בלטו מתוך מסגרות הזהב שלהן. לבסוף, [גור אריה] מציע פן רעיוני ולפיו האבנים נקראו כך משום שהן אלו שמשלימות את התכשיט ונותנות לו את צורתו וייעודו הסופי.