עיצוב הכפורת והדמויות המלאכיות שעליה דורש דיוק רב, הן במיקומן והן בשיטת יצירתן. ההנחיות מדגישות הצבה מדויקת וטכניקת עבודה ייחודית הקושרת את הדמויות באופן בלתי נפרד אל המכסה עצמו.
המילה וַעֲשֵׂה פותחת באות וי"ו המשמשת כהסבר ופירוט לפסוק הקודם [אבן עזרא, ביאור יש"ר, קאסוטו]. התורה מדגישה כְּרוּב אֶחָד, כדי למנוע טעות שלפיה יש להציב שני כרובים על כל קצה וקצה [רש"י, ביאור יש"ר, פרדס יוסף]. מעבר לכך, ישנה דרישה שהכרובים ייעשו ויצאו מתוך הזהב בו־זמנית כאחד, ולא שייעשה כרוב אחד ורק לאחריו השני. יצירה משותפת זו מסמלת את מחשבתו של ה' מתחילת הבריאה להשפיע שפע מיוחד על ישראל [העמק דבר].
המיקום המדויק מוגדר במילים מִקָּצָה מִזֶּה, כלומר מקצה הכפורת [בכור שור, ביאור שטיינזלץ], כאשר הכרובים עמדו לאורכו של הארון [אבן עזרא]. מנגד, יש המפרשים כי המיקום הוא דווקא מאמצע רוחבה של הכפורת, כדי שפני השכינה יפנו לכיוון ההיכל [רשב"ם].
ההוראה מִן־הַכַּפֹּרֶת תַּעֲשׂוּ אֶת־הַכְּרֻבִים מגדירה את אופן מלאכתם. הכרובים צריכים להיות מחוברים ובלתי נפרדים מהכפורת, כאילו הם חלק ממנה [שד"ל]. המשמעות המעשית היא שאין ליצור אותם בנפרד ולחברם לאחר מכן, אלא להקיש בפטיש על גוש הזהב של הכפורת עצמה עד שהכרובים יבלטו מתוכה [רש"י, ביאור יש"ר, קאסוטו]. כדי להבטיח פיזור נכון, יש להקיש את הכרוב הימני מעודף הזהב שבצד ימין, ואת הכרוב השמאלי מעודף הזהב שבצד שמאל, ולא למשוך את שניהם מאותו צד [מלבי"ם]. בניגוד לכרובים אלו שהיו חלק אינטגרלי מהכפורת, הכרובים שעשה לימים שלמה המלך במקדש לא היו מונחים על הכפורת [חזקוני].
המילה קְצוֹתָיו מסתיימת בלשון זכר, ולפיכך אינה מתייחסת למילה "כפורת" שהיא בנקבה, אלא חוזרת אל המילה "מזה" שהוזכרה קודם לכן [אבן עזרא, ברכת אשר על התורה].
אשר לצורתם החזותית של הכרובים, התורה אינה מפרטת את מראם, שכן צורתם הייתה מוכרת וידועה. דמויות אלו מזוהות עם יצורים מכונפים נושאי המרכבה האלוהית, המייצגים את הרוחות המנשבות. מכיוון ששטח הכפורת היה מצומצם, סביר להניח שהם לא עוצבו כחיות הולכות על ארבע, אלא כדמויות עומדות, ועל פי מסורת חז"ל הם עוצבו כנערים בעלי כנפיים [קאסוטו].