בניית ארון הברית משלבת בין פשטותו הטבעית של העץ לבין שלמותו הבלתי משתנה של הזהב. שילוב חומרים זה יצר את משכנם הפיזי של לוחות הברית, ושימש עבור מפרשי המקרא בסיס לשורת תובנות עמוקות על מהות התורה ולומדיה.
הציווי לצפות את הארון בזָהָב טָהוֹר מתייחס לזהב מזוקק ונקי לחלוטין מסיגים ופסולת [רשב"ם, חזקוני, אבן עזרא הקצר]. הפרשנים שואלים מדוע הארון לא נבנה מראש כולו מזהב. מבחינה מעשית, ארון שכולו זהב היה כבד מנשוא עבור הלוויים שנשאו אותו על כתפיהם [דעת זקנים, בכור שור, חזקוני]. מבחינה סמלית, העץ הפנימי מסמל את התורה כעץ חיים הנטוע וצומח, בעוד הזהב מסמל את העושר, הכבוד והנצחיות שאינה משתנה לעולם [מזרחי, גור אריה, רש"ר הירש].
באשר לאופן הציפוי, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שבצלאל לא הסתפק בהדבקת רקעי זהב על העץ, אלא יצר שלושה ארונות נפרדים שנכנסו זה בתוך זה: ארון עץ אמצעי, שהוכנס לתוך ארון זהב חיצוני, ולתוכו הוכנס ארון זהב פנימי [רש"י, מזרחי, ברטנורא, ביאור שטיינזלץ]. שיטת בנייה זו נועדה לשמור על מידותיו המדויקות של הארון, למנוע שימוש במסמרים שהיו פוגמים בעץ, ולהעניק לארון יופי, ברק ושלמות [גור אריה, לבוש האורה, דברי דוד]. מנגד, יש הסבורים כי הציפוי נעשה באמצעות ריקועי פחים דקים שנקבעו על העץ במסמרות [קאסוטו]. המילה הכפולה תְּצַפֶּנּוּ מלמדת שלאחר הכנסת הארונות זה בזה, צופתה בזהב גם שפתו העליונה והגלויה של ארון העץ [רש"י, שפתי חכמים, בכור שור].
ההוראה לצפות את הארון מִבַּיִת וּמִחוּץ נדרשת על ידי הפרשנים כהוראה מוסרית נוקבת: תלמיד חכם העוסק בתורה חייב להיות תוכו כברו, כלומר שפנימיותו וטוהר ליבו יהיו זהים לחזותו החיצונית, ללא צביעות או מרמה [רבנו בחיי, צרור המור, תורה תמימה]. בנוסף, הציפוי רומז לשילוב הראוי בין לימוד התורה הגלוי כלפי חוץ, לבין המעשים הטובים והצנועים שנעשים בסתר [משכיל לדוד]. עטיפת העץ הפשוט בזהב יוקרתי מהווה גם קריאה לציבור לכבד תלמידי חכמים ולתמוך בהם כלכלית בעין יפה ובלב שלם, גם אם הם עניים, ולספק להם את צורכיהם בכבוד [מזרחי, בית הלוי, אדרת אליהו].
בחלקו העליון של הארון נדרשת עשיית זֵר זָהָב. מבחינה לשונית, המילה קשורה למילה נזר [שד"ל, ביאור שטיינזלץ]. מבחינה מעשית, מדובר במסגרת או כתר דקורטיבי שהקיף את שפת הארון ובָלט מעט כלפי מעלה, כדי לקלוט ולהחזיק בתוכו את משא הכפורת [העמק דבר, רלב"ג, אבן עזרא הקצר].
מבחינה רעיונית, הפרשנים מסכימים כי הזר מסמל את כתר התורה. בניגוד לשולחן ולמזבח הקטורת שם נאמר ועשית לו, בארון מודגשת המילה עָלָיו. שינוי לשוני זה נועד ללמד שבעוד כתרי הכהונה והמלכות עוברים בירושה משפחתית ומוגבלים לאנשים מסוימים, כתר התורה אינו שייך לאיש מלידה. הוא מונח עליו, זמין ומופקר לכל אדם שיבחר לעמול ולזכות בו [כלי יקר, רבנו בחיי, תולדות יצחק]. עם זאת חבויה כאן אזהרה: המילה זֵר נכתבת חסר ולכן נגזרת גם מלשון זרות. אם האדם לומד תורה לשמה ומקיים אותה, היא נעשית לו לכתר מפואר, אך אם הוא לומד מתוך יוהרה או אינו מקיים את לימודו, התורה מסתלקת ונעשית לו זרה, והוא עצמו נחשב כזר הפוגע בקודש [כלי יקר, רבנו בחיי, תורה תמימה]. אם עם ישראל שומר על פנימיותו וחיצוניותו בטהרה, הוא זוכה לענוד את הכתר הזה ולהפוך לבלתי פגיע בפני אויביו [רש"ר הירש].