חומרי הבנייה של המשכן עוברים כעת ממתכות ובדים כלליים אל פריטים ספציפיים מן החי ומן הצומח, אשר נועדו ליצור את מעטפת האוהל ואת שלדו. כל אחד מחומרים אלו נושא עמו משמעות מעשית וסמלית ייחודית.
המרכיב הראשון הוא וְעֹרֹת אֵילִם מְאׇדָּמִים. הפרשנים מסכימים כי הכוונה היא לעורות של כבשים זכרים גדולים שניטלו מהם השערות. המילה מְאׇדָּמִים מעידה מבחינה דקדוקית כי העורות לא היו אדומים בטבעם, אלא נצבעו באדום לאחר תהליך העיבוד [רש"י, גור אריה, דברי דוד]. עם זאת, קיימת מסורת שלפיה הצבע האדום לא הופק מסממני צביעה רגילים, אלא הושג על ידי הכאת האילים במקלות בעודם בחיים, כך שדמם נצרר בעורם וצבע אותו באדום טבעי טרם השחיטה [ברטנורא, חתם סופר]. ברובד הסמלי, עורות האילים האדומים מרמזים על גלות אדום, שכן עשו, אבי האומה האדומית, נולד אדמוני [צאינה וראינה].
השכבה הבאה עשויה וְעֹרֹת תְּחָשִׁים. זהותו של התְּחָשִׁים נתונה במחלוקת עמוקה בקרב המפרשים. גישה אחת, המבוססת על דברי חז"ל, גורסת כי מדובר בחיה פלאית וטהורה בעלת קרן אחת, שנבראה בדרך נס רק לפי שעה עבור הקמת המשכן, ולאחר מכן נגנזה ונעלמה מן העולם. עורה של חיה זו התאפיין בגוונים רבים ומרהיבים [רש"י, רבנו בחיי, תורה תמימה]. לעומת זאת, פרשנים אחרים מציעים גישה טבעית יותר, וטוענים כי התחש היה בעל חיים מוכר באותה תקופה, שעורו העבה והחזק נחשב יוקרתי במיוחד ושימש לעשיית מנעלים לשרים ורוזנים [אבן עזרא, רלב"ג, בכור שור]. יש המזהים את התחש עם יונקים ימיים המצויים בים סוף, כדוגמת הדולפין או פרת הים, שעורם שימש באופן מסורתי את יושבי המדבר להכנת סנדלים חזקים [שד"ל, קאסוטו, ביאור שטיינזלץ]. על אף המחלוקת על זהותו, הכל מסכימים כי מדובר בבעל חיים טהור, שכן למלאכת המשכן הותרו רק חומרים מבעלי חיים המותרים באכילה [מזרחי, תיבת גמא].
שלד המשכן נבנה מתוך וַעֲצֵי שִׁטִּים, שהם קורות של עץ שיטה, הידוע כעץ חזק ועמיד בפני ריקבון [ביאור שטיינזלץ]. השאלה המרכזית שעולה היא מהיכן השיגו בני ישראל עצים גדולים וכבדים כל כך בלב המדבר. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים, הנשענת על המדרש, מסבירה כי יעקב אבינו צפה ברוח הקודש שצאצאיו עתידים לבנות משכן. לכן, כשירד למצרים הוא הביא עמו נטיעות, גידל אותן שם, וציווה על בניו לקחת את העצים עמם בצאתם ממצרים [רש"י, רבנו בחיי, דברי דוד]. מנגד, יש הדוחים הסבר זה מטעמים הגיוניים, ותוהים כיצד יכלו לשאת קורות ענק ממצרים מבלי לעורר את חשד המצרים. לשיטתם, הפתרון פשוט יותר: בסמוך להר סיני היו יערות של עצי שיטה, ובני ישראל פשוט כרתו אותם במקום [אבן עזרא, בכור שור, חזקוני]. למרות גודלם העצום של הקרשים, העצים הללו מתוארים כקלים מאוד למשא, חלקים ונאים [דעת זקנים, חזקוני]. יש המוצאים בשם העץ רמז עמוק, ודורשים את המילה "שטים" כראשי תיבות של המילים: שלום, טובה, ישועה ומחילה [דעת זקנים].