פסוק זה מציג את נקודת המפגש העליונה ביותר בין ה' לבני אדם, המקום שבו מתרחשת ההתגלות האלוהית בתוך קודש הקודשים, ישירות מעל ארון הברית.
המילה וְנוֹעַדְתִּי נגזרת מהשורש י.ע.ד, ומשמעותה קביעת מקום וזמן מיוחדים למפגש [ביאור יש"ר, רש"ר הירש]. יש המדגישים כי השורש מתייחס כאן בעיקר לקביעת המקום הפיזי של ההתגלות, ולא רק לזמן [שד"ל]. מפגש זה יועד באופן אישי למשה, כפי שמדגישה המילה לְךָ, ובו זכה משה לגילוי המלא והבהיר ביותר של אור ה', בשונה מההתגלויות שנועדו לכלל ישראל [העמק דבר, קיצור בעל הטורים]. עם זאת, ההתגלות למשה במקום זה נבעה מכוח הברית של ה' עם עם ישראל כולו. כאשר העם חטא, כדוגמת חטא המרגלים, פסקה הנבואה הישירה ממעל הכפורת למשך שנים ארוכות, שכן ההתגלות תלויה בראויותו של העם [רש"ר הירש].
השכינה שורה במקום זה, המאופיין בשלום וללא מחלוקות, וכשם ששרתה בין הכרובים, כך היא עתידה לשרות בכל מקום שבו חכמי הדור מקדישים את עצמם ללימוד התורה ולהכרת ה' [ספורנו, כלי יקר].
הביטוי וְדִבַּרְתִּי אִתְּךָ טומן בחובו משמעות עמוקה. השימוש במילה "אִתְּךָ" (ולא "אֵלֶיךָ") רומז לדו־שיח. בניגוד לתורה שבכתב שבה משה רק האזין לדברי ה', כאן מדובר גם על מסירת התורה שבעל פה, שבה משה חקר, דרש והיה שותף פעיל בשיח האלוהי [העמק דבר]. במעמד זה זכה משה להתנבא ב"אספקלריא המאירה", כלומר בראייה נבואית צלולה וברורה לחלוטין [רקנאטי].
הפרשנים דנים בשאלת המיקום המדויק של קול ה'. במקום אחר במקרא נאמר שה' דיבר אל משה "מֵאֹהֶל מוֹעֵד", ואילו כאן נאמר שהדיבור יוצא מֵעַל הַכַּפֹּרֶת מִבֵּין שְׁנֵי הַכְּרֻבִים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ליישב זאת בכך שמשה היה עומד בתוך אוהל מועד, מחוץ לפרוכת המבדילה, ואילו קול ה' היה יורד מן השמים אל בין הכרובים, ומשם בוקע ויוצא החוצה אל המקום שבו עמד משה [רש"י, חזקוני, משכיל לדוד]. מנגד, יש הסבורים כי אין כאן כל סתירה שמצריכה יישוב, שכן השם "אוהל מועד" הוא שם כולל למשכן ולכל הכלים שבתוכו, לרבות הארון והכפורת [אבן עזרא, אבי עזר]. קול ה' יצא דווקא מבין הכרובים כדי לפרסם לעם באופן ברור שזהו מקור הנבואה, ובכך להעניק משמעות לבניית הכפורת והכרובים [רלב"ג].
מבחינה רוחנית והלכתית, גובהם המשותף של הארון (תשעה טפחים) והכפורת (טפח אחד) מגיע לעשרה טפחים בדיוק. מידה זו מלמדת שהשכינה "מעולם לא ירדה למטה מעשרה טפחים", ומכאן נקבע הכלל ההלכתי שגובה עשרה טפחים מהווה רשות נפרדת. ה' כביכול מצמצם את נוכחותו האינסופית אל מעל גבול זה מתוך אהבה לישראל [תורה תמימה]. הארון עצמו, המשמש כבסיס לכל הכלים המקודשים ודרכו עובר השפע האלוהי, התאפיין בפלא ש"היה נושא את נושאיו". פלא זה מרמז כי אלו התומכים בלומדי התורה נראים כמי שנושאים אותם, אך באמת התורה היא זו שנושאת ומקיימת אותם [כלי יקר].
חלקו האחרון של הפסוק, אֵת כָּל אֲשֶׁר אֲצַוֶּה אוֹתְךָ, מגדיר את תוכן הדיבור. סביב מילים אלו מתקיים דיון היסטורי מרתק בנוגע לנוסח המדויק של המקרא. כמה מן הפרשנים הראשונים פירשו את הפסוק על בסיס ספרי תורה שבהם נכתבה המילה "ואת" בתוספת האות וי"ו. לפי גרסה זו, היו שפירשו שהוי"ו מיותרת ומשמשת לחיבור בלבד [רש"י], והיו שדרשו אותה כתוספת, המלמדת שה' יגלה למשה סודות עליונים בנוסף לציוויים הרגילים [אבן עזרא], או שיעניק לו סיוע אלוהי לכוון לאמת מתוך פלפולו האישי [העמק דבר]. אולם, חוקרי המסורה ופרשנים רבים אחרים בדקו ספרי תורה מדויקים והוכיחו כי הנוסח הנכון הוא "אֵת" ללא וי"ו. לפיכך, הפירוש הפשוט הוא רציף הישיר: הדיבור שיהיה מעל הכפורת הוא הוא כלל המצוות שה' יצווה את משה להעביר לבני ישראל [מנחת שי, מזרחי, ריב"א, ברכת אשר].