רגע השלמת ארון הברית מאחד את מרכיביו הפיזיים עם תוכנו הרוחני. הכתוב מורה על חיבור המכסה העליון אל הארון, ועל הטמנת לוחות הברית בתוכו, פעולה שיוצרת את המוקד המקודש ביותר במשכן.
המילה הכַּפֹּרֶת מכוונת למכסה הארון, ואילו הָעֵדֻת הם לוחות הברית, ויש הסבורים כי הכוונה גם לספר התורה [רלב"ג, העמק דבר, קאסוטו]. הפסוק מציג קושי כרונולוגי לכאורה, שכן הוא מצווה קודם להניח את הכפורת על הארון ורק לאחר מכן לתת את העדות בתוכו. כדי ליישב זאת, מבארים חלק מהפרשנים את המילים וְאֶל הָאָרֹן תִּתֵּן כפעולה שכבר נעשתה בעבר, כלומר, לאחר שכבר נתת את העדות בארון, אז תניח עליו את הכפורת [אבן עזרא, חזקוני, ביאור יש"ר].
גישה אחרת רואה בסדר הכתוב הנחיה מעשית ומהותית. אף על פי שכבר נאמר קודם לכן (בפסוק ט"ז) לתת את העדות בארון, הציווי נכפל כאן כדי ללמד שחובה להניח את הלוחות בעוד הארון פתוח וללא מכסה. אסור להניח את הכפורת על הארון, אפילו באופן זמני, כל עוד הוא ריק מתוכנו, שכן ארון ללא לוחות נחשב כלי חסר [רש"י, רא"ש, רלב"ג].
כפילות הציווי מבהירה את מהותו החוקתית של הארון. בניגוד לכלים אחרים במשכן שעשויים לשמור על מעמדם גם אם חסר בהם פרט מסוים, קיומו של הארון מותנה לחלוטין בעדות שבתוכו. ללא הלוחות, אין לארון כל משמעות [גור אריה, רש"ר הירש]. קדושת הארון אינה נובעת מן הזהב, מהכפורת או מדמויות הכרובים שעליו, אלא אך ורק מלוחות הברית המונחים בתוכו [שד"ל, קאסוטו].
יתרה מכך, חזרת הפסוק נועדה לקשור בין הלוחות לבין השראת השכינה. הקול האלוהי שיישמע מבין הכרובים נובע ישירות מכך שהם סוככים על העדות, המכילה את יסודות התורה. הכפורת והארון הופכים ליחידה אחת המשמשת כמעין כיסא כבוד, שדרכו מתגלה ה' אל משה [רמב"ן, ספורנו, מזרחי].
מעבר לכך, יש הרואים בכפילות הפעלים רמז לנצחיות ולריבוי. מצד אחד, ההדגשה באה ללמד שמרגע שהלוחות הונחו בארון וכוסו, הם נועדו להישאר שם לעולם מבלי לצאת [אור החיים, בכור שור]. מצד שני, האזכור הכפול מרמז על כך שבארון לא הונחו רק הלוחות השלמים, אלא התווספו אליהם גם שברי הלוחות הראשונים, וכן ספר התורה שהונח שם לדורות [אור החיים, פענח רזא, מלבי"ם].