הוראת הצבתם של כלי הקודש הפנימיים מגיעה לשיאה עם קביעת מיקומו הסופי של מכסה הזהב, הוא הַכַּפֹּרֶת [ביאור שטיינזלץ]. מבחינה סגנונית, הכתוב פותח במילה וְנָתַתָּ, בדומה לפסוקים שלפניו ולאחריו, כדי ליצור רצף תיאורי המפרט את מקומם של הכלים השונים. מבחינה תחבירית, ההוראה מתמקדת בפעולת ההנחה עצמה בתוך החלל המקודש, כלומר המילים בְּקֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים משלימות את הפועל "ונתת" ואינן רק תיאור מקומו של הארון [קאסוטו].
הפרשנים עומדים על מתח מסוים העולה מסדר הפעולות המופיע כאן לעומת תיאור הקמת המשכן בפועל בהמשך הספר. בפסוקנו, הציווי על תליית הפרוכת המבדילה מופיע לפני ההוראה להניח את הכפורת על הארון. סדר זה מלמד רעיון מהותי, לפיו ההבדלה שיוצרת הפרוכת היא תנאי הכרחי לכפורת ולמשמעותה העמוקה. עם זאת, בתיאור העשייה בפועל, הארון המכוסה בכפורת הוכנס למשכן ורק לאחר מכן נפרסה הפרוכת [רש"ר הירש].
קושי נוסף נובע מכך שכבר בציווי קודם (שמות כ"ה, כ"א) נאמר "ונתת את הכפורת על הארון מלמעלה". כדי ליישב את כפל הציוויים ואת הפערים בסדר הפעולות, ישנה גישה המבחינה בין שני שלבים שונים בהנחת הכפורת. בשלב הראשון, לפני ההכנסה לקודש הקודשים, משה הניח את הכפורת על הארון באופן רופף וזמני בלבד, רק כדי שיוכל להכניסם יחד כיחידה אחת, תוך הקפדה שהכפורת תהיה מונחת מלמעלה כדרך עמידתה ולא מן הצד. בשלב זה, הארון עדיין לא הגיע לתכליתו. רק לאחר שהוכנסו פנימה, סידר משה את הכפורת על הארון באופן מדויק ומושלם. הנחה שנייה ומתוקנת זו היא המתוארת בפסוקנו, ורק בעקבותיה קיבל הארון את מעמדו השלם ונקרא אֲרוֹן הָעֵדֻת [העמק דבר].