תכנון המשכן יוצר היררכיה מרחבית ברורה, ומחלק את המבנה לשני תחומי קדושה נפרדים באמצעות מחיצת בד אטומה לחלוטין [שטיינזלץ]. מיקומה המדויק של המחיצה נקבע על פי מבנה הגג, כאשר הכתוב מצווה לתלות אותה תַּ֣חַת הַקְּרָסִים֒. קרסים אלו היו ווי זהב שחיברו יחד את קבוצות יריעות האוהל [שטיינזלץ], והם מוקמו במרחק של עשרים אמה מפתח המשכן. על ידי שילשול הפרוכת בנקודה זו, חולק החלל כולו לשניים: החלק החיצוני, שנקרא הַקֹּ֔דֶשׁ [תורה תמימה], אורכו עשרים אמה ובו מוקמו השולחן, המנורה ומזבח הקטורת; והחלק הפנימי, קֹ֥דֶשׁ הַקֳּדָשִֽׁים, שגודלו עשר על עשר אמות, ובו הונח הארון ועליו הכפורת [רשב"ם, בכור שור, ביאור יש"ר, רבנו בחיי, קאסוטו, רש"ר הירש].
הכתוב ממשיך ומצווה וְהֵבֵאתָ֥ שָׁ֙מָּה֙ מִבֵּ֣ית לַפָּרֹ֔כֶת, כלומר אל הצד הפנימי של הפרוכת [שטיינזלץ], את ארון העדות. סדר הפעולות המשתמע מכאן – תליית הפרוכת ורק לאחר מכן הכנסת הארון – מעורר קושי, שכן בתיאור הקמת המשכן בפועל מתואר כי הארון הוכנס ראשון ורק לאחריו נפרסה הפרוכת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שפסוק זה אינו בא ללמד על סדר ההקמה המעשי, אלא להגדיר את התכלית ואת המבנה הסופי: ייעודה של הפרוכת הוא ליצור חלל מובדל ומוגן שבו יוכל הארון לשכון וממנו ידבר ה' עם משה [רמב"ן, הטור הארוך, אור החיים, מלבי"ם, ביאור יש"ר]. מנגד, יש המסבירים את השינוי בסדר הפעולות כאילוץ פיזי: לו היו מציבים תחילה את העמודים והפרוכת, הרווח הצר שבין העמודים לא היה מאפשר להעביר דרכו את הארון הרחב יחד עם בדיו, ולכן חובה הייתה להכניסו קודם [קאסוטו]. דעה נוספת מציעה תהליך משולב, ולפיו משה אכן תלה את הפרוכת תחילה אך הותיר אותה גלולה כלפי מעלה, ולאחר שהכניס את הארון, שילשל אותה מטה כדי שתיצור את ההבדלה [העמק דבר].
פעולת ההבדלה עצמה, המתוארת במילה וְהִבְדִּילָה, מנוקדת באופן חריג כשההטעמה היא בסוף המילה [אבן עזרא, מנחת שי]. יש שלמדו מכך שההבדלה לא נוצרה מיד עם הכנסת הארון, אלא רק לאחר שהונחה עליו הכפורת והפרוכת שולשלה במלואה [העמק דבר]. התוספת של המילה לָכֶ֔ם נושאת משמעות עמוקה: הפרוכת נועדה להבדיל עבור בני האדם, כדי ליצור גבול תודעתי ומעשי האוסר על הכוהנים להיכנס פנימה [רש"ר הירש]. עם זאת, משה רבנו היה רשאי לעמוד בקו התפר, במקום שבו בלטו בדי הארון מעט החוצה, כך שעבורו ההבדלה הייתה שונה מאשר עבור אהרן והכוהנים [העמק דבר].
לבסוף, הציווי וְהִבְדִּילָה הַפָּרֹ֙כֶת֙ מלמד כי במשכן נעשה שימוש בפרוכת אחת בלבד המהווה את קו הגבול. זאת בניגוד לבית המקדש השני, שם התעורר ספק לגבי מיקומו המדויק של קו התפר שבין הקודש לקודש הקודשים עקב היעדר כותל אבנים, ולכן נתלו שתי פרוכות שהותירו ביניהן חלל של אמה אחת כדי לצאת מן הספק [תורה תמימה].