מעל למבנה הפנימי של המשכן, נפרסו שכבות הגנה חיצוניות שנועדו לשמור עליו מפני פגעי מזג האוויר, ובפרט מפני הגשם [אבן עזרא]. שכבות אלו לא רק הגנו על המבנה, אלא גם סימנו אותו למרחוק כאוהל מקודש [קאסוטו].
הציווי ליצור מִכְסֶה לָאֹהֶל מתייחס ליריעות העיזים, שנקראו "אוהל" והיוו את הגג של המשכן [רש"י, שפתי חכמים, מלבי"ם, שטיינזלץ]. על פי מסורת חז"ל, המכסות העליונים לא השתפלו על דפנות המשכן, אלא כיסו את הגג בלבד, בשטח של שלושים על עשר אמות [רש"י, מזרחי, משכיל לדוד, בכור שור], אם כי יש המשערים שהם ירדו מעט על הדפנות כדי שייראו למרחוק [קאסוטו].
חומרי הגלם של המכסה היו ייחודיים. תחילה מוזכרים עֹרֹת אֵילִם מְאׇדָּמִים, שהם עורות של אילים שנצבעו בצבע אדום בולט [שטיינזלץ, קאסוטו]. במישור הרעיוני, עורות האילים מסמלים סבלנות ונשיאה בייסורים ללא בעיטה, בדומה לאיל [אלשיך]. החומר השני הוא עֹרֹת תְּחָשִׁים. התחש היה חיה טהורה וייחודית בעלת קרן אחת, שהתקיימה רק בימי משה [רש"ר הירש]. תרגום השם לארמית מעיד כי עורו של התחש היה מורכב מגוונים רבים [אוהב גר, נתינה לגר]. שמו של התחש נגזר מלשון מהירות, והוא מסמל זריזות בקיום מצוות [רש"ר הירש, אלשיך].
בקרב הפרשנים קיימת מחלוקת עקרונית כיצד בדיוק חוברו עורות אלו, מחלוקת הנובעת מכפילות המילה "מכסה" בפסוק וממשמעות המילה מִלְמָעְלָה.
הגישה המרכזית, הנתמכת גם בפשוטו של מקרא, גורסת כי היו אלו שני מכסאות נפרדים זה מעל זה. תחילה הונח מכסה של עורות אילים, ומִלְמָעְלָה הונחה שכבה רביעית ונפרדת של עורות תחשים [רשב"ם, ביאור יש"ר, רש"ר הירש]. כפילות המילה "מכסה" באה להדגיש שמדובר בשתי שכבות שונות [תורה תמימה, מלבי"ם]. יש המציעים שמכסה התחשים העליון לא היה קבוע, אלא נועד לשמש רק בזמן מסעות המחנה כדי להגן על היריעות בשעת נשיאתן [קאסוטו].
מנגד, מסורת אחרת קובעת כי היה זה מכסה אחד בלבד, שהורכב משני סוגי העורות יחד [רש"י, שטיינזלץ, בכור שור]. לפי פירוש זה, הפסוק פותח באמירה כללית על עשיית מכסה אחד, ומפרט שהוא נתפר בחלקו מעורות אילים ובחלקו מעורות תחשים [מלבי"ם]. החלוקה לא הייתה בהכרח חצי בחצי באופן מדויק, אלא שילוב של שני החומרים [פרדס יוסף], כאשר עורות התחש השלימו את החללים שבהם חסרו עורות האילים [מלבי"ם]. לשיטה זו, המילה מִלְמָעְלָה אינה מציינת שכבה נוספת, אלא מלמדת שחלק התחשים, שהיה קדוש יותר, מוקם בחלק העליון של הגג, ממש מעל קודש הקודשים [העמק דבר]. קיומם של פסוקים שונים לאורך התורה, שחלקם מזכירים שני מכסאות וחלקם מכסה אחד, מהווה את הבסיס למחלוקת זו [ברכת אשר, משכיל לדוד].