התבססותו של יצחק בארץ פלשתים מסמנת תפנית ביחסם של תושבי המקום למשפחת האבות. בעוד שאברהם זכה לכבוד רב, יצחק נתקל בעוינות גוברת המבשרת את תחילת חוויית הגלות והרדיפה. עוינות זו באה לידי ביטוי בהשחתת מקורות מים חיים, שהם ברכה לכלל הציבור, רק מתוך רצון לפגוע בו.
הפרשנים חלוקים באשר למניע המרכזי של הפלשתים בסתימת הבארות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמעשה נבע מקנאה עזה ושנאה. הפלשתים רצו למנוע מיצחק מים עבור מקנהו העצום, מתוך תקווה שהדבר יאלץ אותו לעזוב את האזור מרצונו. המלך אבימלך, שהיה מנוע מלפגוע ביצחק בגלוי בשל ברית העבר או מבושה, העלים עין ממעשי התושבים ואף תמך בהם בסתר, בתקווה שיצחק יבין את הרמז ויסתלק [ספורנו, מלבי"ם, העמק דבר, אלשיך].
מנגד, יש הסבורים כי המניע היה משפטי-טריטוריאלי. הפלשתים ביקשו למנוע מיצחק לבסס חזקה בארץ ולרשת את נכסי אביו. עם מות אברהם, הם ראו עצמם פטורים מהברית שנכרתה עמו, וחששו שאם יצחק יתעצם הוא ישתלט על האזור [רשב"ם, רד"ק, חזקוני, ביאור יש"ר].
גישה שלישית [רש"י, מזרחי, צאינה וראינה] מסבירה כי הפלשתים לא חמדו את הבארות לעצמם, אלא ראו בהן סכנה ביטחונית. הם טענו שהבארות, אשר היו ממוקמות מחוץ לעיר, עלולות לשמש כמקור מים עבור צבאות אויב שיבואו לצור עליהם. עם זאת, יש מי שמעיר [שפתי חכמים] שטענה ביטחונית זו הייתה אך ורק תירוץ שנועד להסוות את קנאתם האמיתית.
הפסוק מתאר את פעולת ההשחתה בשני פעלים: סִתְּמוּם וכן וַיְמַלְאוּם עָפָר. יש המדייקים [אור החיים] כי מדובר בשני שלבים היסטוריים שונים. מיד לאחר מות אברהם, הפלשתים רק אטמו את פי הבארות באבנים (סִתְּמוּם). אולם מאוחר יותר, כאשר התעוררה קנאתם בהצלחת יצחק, הם החמירו את מעשיהם ומילאו את חלל הבארות בעפר (וַיְמַלְאוּם עָפָר), כך שהבארות נעלמו כליל ויצחק נאלץ לחפור אותן מחדש. הפגיעה בבארות דווקא, מוסברת גם בכך שחָֽפְרוּ עַבְדֵי אָבִיו; מעשי ידיהם של הצדיקים פגיעים לשליטת זרים רק כאשר הם נעשים על ידי משרתים, אך כאשר האבות פועלים בעצמם, כפי שעשה יצחק בהמשך, יצירתם מתקיימת [פרדס יוסף].
לצד הפירוש ההיסטורי, קיימת גם פרשנות אלגורית [רבנו בחיי, תולדות יצחק] הרואה בבארות סמל לגרים שאברהם קירב לאמונה בה'. פתיחת הלבבות לאמונה נמשלת לחפירת באר המקבלת מים חיים. סתימת הבארות על ידי הפלשתים ומילויין בעפר מסמלות את השפעתם הרעה של אנשי המקום, אשר החזירו את הגרים לסורם ולעבודת האלילים המדומה לעפר. יצחק, בחפרו את הבארות מחדש, פעל להשיב את אותם מתגיירים אל האמונה הטהורה של אביו.