מעשה חפירת הבארות על ידי יצחק אינו רק פעולה חקלאית של מציאת מים, אלא מסע של שימור מורשת, ביסוס בעלות חוקית והעמקת האמונה. יצחק צועד בעקבות אביו, ומתעקש להחיות את המפעל הפיזי והרוחני שכמעט ונמחק.
הפרשנים נחלקו לגבי העיתוי והמיקום שבהם וַיָּשָׁב יִצְחָק וַיַּחְפֹּר. גישה אחת גורסת כי הפסוק אינו מתואר על פי סדר הזמנים, ויצחק חזר לחפור את הבארות הללו עוד לפני שעזב את העיר גרר, או ממש עם צאתו מתחומה [רש"י, מזרחי, גור אריה, משכיל לדוד]. לעומת זאת, פרשנים אחרים סבורים כי מדובר בבארות אחרות שאברהם חפר בעבר הרחק מן העיר, בנחל גרר, ויצחק חפר אותן רק לאחר שעבר להתגורר שם [מלבי"ם, ברכת אשר]. את הבארות המקוריות, מציינים המפרשים, חפרו בפועל עבדי אברהם [רד"ק].
באשר לסיבה שבגללה וַיְסַתְּמוּם פְּלִשְׁתִּים לאחר מות אברהם, מוסבר כי כל עוד אברהם חי, הבארות נבעו מים בשפע. משמת אברהם פסק הזרם, והפלשתים חששו שהבורות היבשים יהוו תקלה ומקום מסתור לגייסות של חיילי אויב, ולכן מילאו אותם בעפר [גור אריה, ברכת אשר].
התעקשותו של יצחק על כך שוַיִּקְרָא לָהֶן שֵׁמוֹת כַּשֵּׁמֹת אֲשֶׁר קָרָא לָהֶן אָבִיו נושאת משמעות כפולה. במישור המעשי והמשפטי, קריאת השמות המקוריים נועדה להחזיר את הבארות לחזקתן הראשונה. זהו מהלך שנועד להוכיח כי הבארות שייכות ליצחק מכוח ירושת אביו, וכך למנוע מאנשי המקום לערער על בעלותו או לטעון שמדובר בבארות חדשות שהם עצמם כרו [רשב"ם, העמק דבר, בכור שור, חזקוני].
במישור הרוחני, מסבירים הפרשנים כי אברהם לא העניק לבארות שמות סתמיים, אלא קרא להן בשמות המורים על מציאות ה'. אברהם השתמש בבארות, שהיו מקום כינוס להמונים, כדי ללמד את יושבי הארץ אמונה באל אחד ולעקור מהם את ההשקפה הכוזבת של עבודת אלילים ומזלות. לאחר מותו, הפלשתים שמיהרו לחזור לעבודה זרה, סתמו את הבארות כדי למחוק מהעולם את השמות המעידים על אמונת הייחוד. יצחק, בחפירתו ובקריאת השמות מחדש, משיב למעשה את האמונה האמיתית לעולם ומתקן את קלקולם של הפלשתים [הכתב והקבלה].
ברובד העמוק יותר, פעולת חפירת הבארות מסמלת את דרכו הייחודית של יצחק בעבודת ה'. בעוד שאברהם השפיע על אנשים מבחוץ ועורר אותם, דרכו של יצחק הייתה לחפור פנימה. הוא אילץ את האנשים להתמודד עם המחסומים הפנימיים שלהם, המיוצגים על ידי העפר שסתם את הבאר, כדי לגלות את הטוב ואת המים החיים החבויים בנפשם, ולחשוף את סודות התורה [תורת החסידות, שפתי כהן]. בנוסף, חפירת הבארות והשמות שניתנו להן רומזים למהלך ההיסטוריה של עם ישראל ולשלושת בתי המקדש: שניים מהם מלווים במחלוקות ובחורבן, והשלישי, שייבנה לעתיד לבוא, יתאפיין בהרחבה ובשלום [רקנאטי, צרור המור]. מתוך כל אלה מצטיירת דמותו של יצחק כמי שמשלב באופן עמוק בין אמונה רוחנית גבוהה לבין מעורבות חומרית ומעשית בבניינו של העולם [ברכת אשר].