מאבקם של רועי יצחק ברועי גרר על מקורות המים טומן בחובו הרבה מעבר לסכסוך רועים מקומי, ומשקף התמודדות משפטית, היסטורית ורוחנית.
כאשר טענו רועי גרר לָנוּ הַמַּיִם, הם דייקו בדבריהם ולא טענו לבעלות על הבאר עצמה. טענתם הייתה כי המים שייכים להם משום שהם מחלחלים ונובעים מהנחל שלהם, או משום שעל פי חוקי המלכות כל מי התהום שייכים לשלטון המקומי [ביאור יש"ר, מלבי"ם, בכור שור, חזקוני]. מנגד, יצחק הוכיח כי מדובר בבאר מים חיים הנובעת ממקור עצמאי ואינה תלויה בנחל שלהם [תולדות יצחק, העמק דבר]. מחלוקת זו נבעה גם מסכסוך גבולות בין אזור גרר לאזור באר שבע [רד"ק], אך בעיקרה שיקפה צרות עין ושנאה. רועי גרר פעלו בשיטת ההצקה הקלאסית, כאומרים ליצחק: "את הבור אתה חפרת, אך המים שבתוכו שייכים לנו" [רש"ר הירש, אדרת אליהו].
את המילה עֵשֶׂק מפרשים רוב הפרשנים כלשון ערעור, מריבה והתנגדות, כפי שהמונח "עסיקין" משמש בדברי חז"ל לתיאור קרקע שיש עליה תביעות משפטיות וסכסוכי בעלות [רש"י, רד"ק, שד"ל, אבן עזרא]. גישה שונה מקשרת את המילה למושג ההלכתי "מתעסק" – אדם הפועל מתוך כוונה מסוימת אך משיג תוצאה אחרת. לפי פירוש זה, הטרדתם של הפלשתים הייתה לשווא, שכן כאשר לקחו את הבאר מימיה יבשו, ומאמציהם התבררו כחסרי תועלת [הכתב והקבלה, מחוקקי יהודה]. קריאת השם על ידי יצחק נועדה לקבע את בעלותו על המקום ולהנציח את העוול שנעשה לו, כך שבעתיד לא יוכלו לטעון לבעלות על המים ללא עוררין, ועצם הענקת השם מוכיחה כי בסופו של דבר הבאר נשארה בידיו [רד"ק, הכתב והקבלה, שד"ל].
מעבר לפשט הכתוב, הפרשנים מזהים בסיפור הבארות רמז עמוק לעתיד האומה. הפירוט הנרחב על חפירת הבארות, שעל פניו נראה כחסר חשיבות היסטורית, בא לרמוז על בתי המקדש, שכן "מים חיים" מסמלים את בית ה'. הבאר הראשונה, עֵשֶׂק, מסמלת את בית המקדש הראשון ואת גלות בבל, תקופה שהייתה רוויה במלחמות, מאבקים ועושק מתמיד מצד האומות שניסו להצר את צעדי ישראל, עד לחורבן הבית [רמב"ן, הטור הארוך, בעל הטורים, תולדות יצחק].
ברובד הפנימי והחסידי, המאבק על המים מייצג מלחמה רוחנית מתמדת. רועי גרר מסמלים את כוחות הרע המנסים לנכס לעצמם את מי התורה והקדושה ולהכשיל את האדם, בעוד רועי יצחק הם מליצי היושר של ישראל הנאבקים על טהרתם [פני דוד, חומת אנך]. פעולת חפירת הבארות חרף ההתנגדות העזה, מלמדת כיצד יש להתאמץ ולחפור מבעד למעטפת החיצונית של בני האדם, כדי לגלות את מעיינות הקדושה והטוב הגנוזים בהם. יצחק מלמד שאין להתייאש מלחשוף את הטוב הפנימי, גם כאשר נתקלים במחלוקת, עוינות וכישלונות ראשוניים [לקוטי שיחות].