מעברו של יצחק מנחל גרר לבאר שבע מסמן נקודת תפנית משמעותית במסעו הפיזי והרוחני, ומבטא חזרה אל שורשי משפחתו ואל ייעודו המקורי. הפועל וַיַּעל מצביע בראש ובראשונה על עלייה טופוגרפית, שכן באר שבע וארץ ישראל ממוקמות באזור גבוה יותר מארץ פלשתים ועמק גרר [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. בנוסף, ייתכן שהשימוש במונח זה נובע מחשיבותה ומעמדה של העיר באר שבע, כך שההליכה אליה נחשבת לעלייה מובהקת [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים מציעים מניעים שונים לעזיבתו של יצחק את האזור הפורה שבו הצליח להתיישב לבסוף. גישה אחת תולה זאת בתחושת חוסר ביטחון. למרות שהפלשתים לא רבו על הבאר השלישית, קנאתם ועוינותם לא חלפו, ויצחק חשש כי יחפשו עלילות להרע לו. משום כך העדיף להתרחק מאזור מגוריהם [ביאור יש"ר, רשב"ם]. חיזוק לסברה זו נמצא בכך שמיד לאחר מכן נגלה אליו ה' ואמר לו "אל תירא", מה שמעיד כי יצחק אכן היה נתון בפחד מתמיד [רשב"ם, ברכת אשר על התורה].
מנגד, יש המסבירים את המעבר כבחירה יזומה הקשורה לאופיו ולצרכיו הרוחניים של יצחק. לאחר שנות נדודים בשדה, ביקש יצחק לשוב לחיים עירוניים התואמים את טבעו, וכן חיפש מקום שבו יוכל לקרוא בשם ה' בצורה פומבית וראויה יותר, אך נמנע מלהכניס לשם מיד את כל משפחתו מחשש לקנאת שרי העיר [העמק דבר]. עלייה זו לבאר שבע הייתה למעשה חזרה מרצון אל תחנת ילדותו, המקום שבו פעל אביו אברהם והעמיד את דגלו הרוחני [רש"ר הירש, חזקוני], ואף שחזור מדויק של מסלול הנדודים של אביו מגרר לבאר שבע [ברכת אשר על התורה].
נקודת מבט נוספת קושרת את העזיבה לסיומו של הרעב. שהותו של יצחק בגרר נתפסת כגלות מאולצת מארץ ישראל. כל עוד סבל מהצקות סביב הבארות הראשונות, הבין יצחק שהרעב בארץ טרם פסק וכי דרכו בחוץ לארץ אינה צולחת. כאשר פסקו המריבות על הבאר השלישית, הוא ראה בכך סימן אלוהי להרחבה ולסיום הרעב בארץ ישראל, ולכן מיהר לשוב אל נחלת אבותיו המקורית [חתם סופר].
ההתנתקות מסביבת הפלשתים העוינת, שאילצה אותו עד כה להסתגרות, והוויתור על השקיעה ברדיפה אחר עושר חומרי, סללו את הדרך להתגלות אלוהית. רק כאשר עלה מרצונו למקום ההתבודדות הישן של אביו, זכה יצחק מחדש להבטחת ההגנה והברכה מאת ה'. החזרה לייעודו הרוחני הביאה עמה גם הצלחה גשמית ומדינית ללא מאמץ, כאשר מיד לאחר מכן מצאו עבדיו מים ואבימלך בא לבקש את קרבתו [רש"ר הירש]. יתרה מכך, עצם חפירת הבארות וקריאת השמות באזור זה ללא מפריע, שימשו כאות וכסימן נבואי לכך שארץ ישראל עתידה להיות מוחזקת בידי זרעו [רד"ק].