רגע השיא של תאוות העם לבשר הופך באחת לנקודת שבר טרגית. שפע השליו שניתן להם מתגלה כמלכודת, והמעבר בין סיפוק התאווה לבין העונש האלוהי מתרחש במהירות.
הפרשנים נחלקו בשאלת תזמון העונש, לאור הסתירה לכאורה בין פסוק זה לבין הבטחת ה' קודם לכן שהעם יאכל בשר במשך חודש ימים. גישה אחת מבינה את המילים הַבָּשָׂר עוֹדֶנּוּ בֵּין שִׁנֵּיהֶם טֶרֶם יִכָּרֵת כפשוטן המיידי: העונש הכה בעם בעודם לועסים את הבשר, בטרם הספיקו לבלוע או לעכל אותו בפה [רלב"ג, שפתי חכמים, ביאור שטיינזלץ], ויש שאף פירשו שהמכה ניחתה לפני שהספיקו כלל לנגוס ולחתוך את הבשר בשיניהם [רש"י, גור אריה].
מנגד, גישה שניה מסבירה כי המכה לא התרחשה ביום הראשון. לפי פירוש זה, ה' המתין חודש ימים מתוך תקווה שכאשר העם יאכל מן הבשר עד זרא, הם יתחרטו על תאוותם וישובו בתשובה. רק משחלף החודש והתברר כי לא נסוגו מתאוותם, הכתה בהם המגפה בעוד הבשר עדיין שגור בפיהם [ביאור יש"ר, ספורנו, העמק דבר]. גישת ביניים מציעה חלוקה באוכלוסייה: החוטאים המרכזיים, שניגשו לאסוף את הבשר מתוך חוסר אמונה ובתאוותנות יתרה, מתו מיד, בעוד אחרים המשיכו לאכול מן השליו חודש ימים ונענשו בהדרגה [דעת זקנים, אם למקרא].
נשאלת השאלה, מדוע ה' סיפק להם את הבשר מלכתחילה אם התכוון להענישם? הפרשנים מסבירים כי ה' המתין עד שהבשר יסופק לכולם בשפע, כדי שלא יוכלו לטעון שהמכה ניחתה עליהם רק משום שלבורא לא הייתה יכולת לספק את דרישתם [חזקוני, הדר זקנים, דעת זקנים, צאינה וראינה].
הכתוב מציין כי וְאַף ה' חָרָה בָעָם. כעסו של ה' התעורר לנוכח שקידתם האובססיבית ללא מנוחה למלא את תאוותם [העמק דבר], על כך שאספו כמויות עצומות מעבר לצורכם מתוך חוסר ביטחון בה' [אם למקרא], וכן משום שזללו את הבשר מבלי להודות ולברך עליו [חומת אנך]. בעקבות זאת, וַיַּךְ ה' בָּעָם מַכָּה רַבָּה מְאֹד – העם הוכה במגפת דבר קטלנית [אבן עזרא, רבינו בחיי], עונש טבעי וראוי לחטא שנבע כולו מתאווה גופנית [ביאור יש"ר].
נקודה מרתקת שעולה מן המקורות היא שתיקתו של משה. בניגוד לאירוע הקודם בתבערה, שם התפלל משה והביא לעצירת מכת האש, כאן הוא אינו מתערב. הסיבה לכך היא שמשה התבייש בעם על כפיות הטובה שלהם ועל כך שלא למדו לקח מהעונש שחוו זה עתה. בנוסף, משה חשש ממידת הדין, שכן הוא עצמו הטיח קודם לכן דברים כלפי מעלה כששאל מאין ימצא בשר לכולם. מאחר ששימש כעין קטגור על תאוותנותם של ישראל, הרגיש שאינו יכול כעת לשמש להם כסנגור ולהתפלל בעדם [רבינו בחיי, שפתי כהן, צאינה וראינה].
מעבר להיבט הסיפורי, המילים הַבָּשָׂר עוֹדֶנּוּ בֵּין שִׁנֵּיהֶם משמשות כמקור הלכתי. חז"ל למדו מכאן ששאריות בשר שנתקעו בין השיניים לאחר הארוחה עדיין נחשבות מבחינה הלכתית כ"בשר", ולכן אוסרות על האדם לאכול דברי חלב עד שיסירן [תורה תמימה].