מיד לאחר שעזבו בני ישראל את הר סיני והחלו את מסעם במדבר הגדול והנורא, התגלע משבר עמוק של אמונה והתנהגות. במקום ללכת אחרי ה' בשמחה ובהכרת הטוב על הניסים שנעשו להם, העם החל לשקוע במרירות. השימוש במילה הָעָם אינו מקרי; הפרשנים מסכימים כי כאשר בני ישראל נוהגים ברשעות ובחטא הם מכונים "העם", בניגוד למצבים שבהם הם ישרים וראויים לתואר "עמי" [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים].
המוקד המרכזי של החטא טמון במילה כְּמִתְאֹנְנִים. קיימות שלוש גישות מרכזיות בקרב הפרשנים להבנת שורש מילה זו, אשר משלימות זו את זו לכדי תמונה מורכבת של החטא [מלבי"ם, ביאור יש"ר]:
הגישה הראשונה קושרת את המילה לשורש "אונן" ולמושגים של אבל, צער וכאב. בני ישראל התנהגו כאבלים, והיו מיוסרים ומלאי חרדה מההליכה במדבר, מהמחסור בנוחות, מטורח הדרך שארכה שלושה ימים ברציפות, ומהפחד לקראת המלחמות הצפויות להם [רמב"ן, רשב"ם, דעת זקנים, בכור שור]. היו שחשו מנותקים מכל סביבה טבעית, וראו את עצמם כמי שכבר קבורים במדבר ומתאבלים על עצמם [רש"ר הירש]. תוספת האות כ"ף במילה מלמדת שהם רק עשו את עצמם כמתאוננים, ללא סיבה אמיתית ומוצדקת לכך [ספורנו, קונטרס חיבה יתירה], או שהתלוננו מיד עם כניסתם למדבר [שד"ל]. דעה ייחודית קושרת אנינות זו לאיסור עריות שניתן להם, ומסבירה שהם חשו כאבלים האסורים בקיום יחסי אישות חופשיים [כלי יקר].
הגישה השנייה מפרשת את המילה מלשון "תואנה" ועלילה. העם לא באמת סבל, אלא חיפש במכוון תירוץ ועלילה כדי לפרוש מאחרי ה', להסיר מעליו את עול התורה שקיבל זה עתה, ולהשתחרר מעבודת ה' [רש"י, נתינה לגר, אלשיך].
הגישה השלישית רואה במילה גזירה מהשורש "און", המבטא חטא, שקר ומחשבות כפירה. על פי גישה זו, התלונות נבעו ממשבר אמוני עמוק; הם כפרו ביכולתו של ה' לכלכל אותם במדבר, וחשבו שהם נתונים ליד המקרה ללא השגחה עליונה [אבן עזרא, חזקוני, הכתב והקבלה].
אופן הבעת התלונה מתואר במילים רַע בְּאָזְנֵי ה'. הכתוב מדגיש שהדבר נשמע באוזני ה' ולא באוזני משה. העם פחד ממשה, ולכן הם גמגמו, לחשו את תלונותיהם בסתר, או שרק חשבו אותן בלבם. אך ה', הבוחן כליות ולב, שמע וידע את מחשבתם הפנימית [רבנו בחיי, ביאור יש"ר, שפתי כהן]. מנגד, יש המפרשים שהעם דיבר בגלוי ובחוצפה, תוך שהם לועגים למשה וטוענים כי ה' "חירש" כביכול לצרכיהם הארציים, ולכן תלונתם הייתה שהמצב "רע באוזני ה'" משום שלטענתם הוא אינו שומע ואינו משגיח עליהם [אברבנאל, תולדות יצחק].
תגובתו של ה' הייתה מיידית: וַיִּשְׁמַע ה' וַיִּחַר אַפּוֹ. הכעס האלוהי נבע מכך שה' התכוון לטובתם; הוא הריץ אותם במסע רצוף של שלושה ימים כדי להכניסם לארץ ישראל מיד, אך הם כפוי טובה פירשו זאת כעינוי [רש"י, תולדות יצחק]. מכיוון שהשכינה שרתה בתוכם באופן גלוי, כל חטא הוביל לתגובה ולמשפט מיידי [העמק דבר].
העונש הגיע בצורה של וַתִּבְעַר־בָּם אֵשׁ ה'. אש זו לא הייתה שריפה עיוורת, אלא פגיעה מדויקת ומושגחת של ה' באנשים ספציפיים שהיו מפוזרים במחנה [ביאור יש"ר, אלשיך], ויש המפרשים כי מדובר היה במגפה של קדחת חמורה ופתאומית [אברבנאל].
האש פגעה באופן ממוקד: וַתֹּאכַל בִּקְצֵה הַמַּחֲנֶה. הפרשנים חלוקים בשאלה מי היו אותם אלו שנפגעו ב"קצה". דעה אחת גורסת כי האש פגעה בשוליים החברתיים והרוחניים של העם, קרי ה"ערב רב" והאנשים השפלים ביותר שהיו ממוקמים בקצה המחנה [רש"י, שפתי כהן]. דעה הפוכה לחלוטין טוענת כי האש פגעה דווקא בקצינים, בגדולים ובאצילי העם. מנהיגים אלו חטאו עוד במעמד הר סיני כשהציצו בשכינה בקלות ראש, וה' האריך להם אף ולא רצה לפגוע בהם ביום מתן תורה, אך כעת, כשהצטרפו לחטא המתאוננים, נגבה מהם העונש [רש"י בשם ר"ש בן מנסיא, חזקוני, מזרחי]. יש המשלבים בין הדעות ומסבירים שהאש פגעה גם בקצינים (הסנהדרין) וגם בקוצים (הערב רב) [חתם סופר]. פגיעה זו בקצה המחנה נועדה להרתיע את העם, בדומה למכה הניתנת לבהמה מאחור כדי לזרז אותה להתקדם קדימה ולמנוע ממנה לחזור לאחור למצרים [תולדות יצחק].