מעברם של בני ישראל לתחנה חדשה במדבר טומן בחובו רמז לעיכוב בלתי צפוי, ומשמש כהקדמה לאירוע דרמטי שעתיד להתרחש במחנה.
המילה חצרות משמעותה "אל חצרות", בדרך של קיצור לשון [אבן עזרא]. יש המבארים כי מדובר במקום שבו בנו חצרות ששימשו למגורי עראי [ביאור שטיינזלץ]. גישה נוספת מציעה כי חצרות הייתה עיר סמוכה למקום החניה, והעם התפזר בתוכה כדי לקנות ולהכין צידה להמשך הדרך [העמק דבר].
הפרשנים עומדים על כך שהכתוב משתמש בביטוי וַיִּהְיוּ בַּחֲצֵרוֹת, במקום הפועל הרגיל המופיע במסעות בני ישראל, "ויחנו". הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה וַיִּהְיוּ מעידה על כך שהם שהו והתעכבו שם פרק זמן ממושך. שהות זו קשורה בקשר הדוק למאורע שיתואר מיד לאחר מכן, והוא הדיבור של מרים במשה והעונש שקיבלה. הפסוק מהווה חוליה מקשרת, ומלמד שעם ישראל ישב והתעכב במקום זה במיוחד בעטיה של מרים, עד שנרפאה והיא נאספה חזרה אל המחנה [ספורנו, רבנו בחיי, אבן עזרא, רש"ר הירש, ביאור יש"ר].
לעומת ההבנה הפשוטה של השהות במקום, פרשנים רבים מביאים מדרש השופך אור שונה על שינוי הלשון. לפי גישה זו, בני ישראל לא תכננו לחנות בחצרות ימים רבים, והם למעשה כבר החלו במסעם הלאה משם. אולם, מיד כשהחלו לנסוע, הם שמעו שמרים נצטרעה. בעקבות זאת, הם נאלצו לחזור על עקבותיהם ולחנות שוב בחצרות עד תום ימי הסגרתה [רשב"ם, חזקוני, מלבי"ם, העמק דבר].
בהקשר לזמני המסע, יש המציינים כי הנסיעה התרחשה בעשרים ושניים בחודש סיוון, וכי תיאור הדברים בכתוב אינו בהכרח על פי סדר כרונולוגי מדויק [חזקוני]. מנגד, יש המבקרים את ההישענות על המדרש המתאר את החזרה לאחור, וטוענים כי ההבנה הפשוטה של הפסוק, לפיה העם פשוט חנה שם והתעכב, עולה יפה ומתאימה להמשך הכתובים, ואין כל צורך להוציא את הדברים מפשוטם [ברכת אשר על התורה]. בהיותם בחצרות, בעוד אוהל מועד מוקם, זימן ה' את משה, אהרון ומרים לצאת מאוהליהם לקראת התוכחה [ספורנו].