הופעתו של ה' בעולם עטופה בהוד נשגב של סערה, מסתורין וכוחות טבע אדירים. הבורא כביכול עוטה על עצמו מעטפת של אפלה ועננים כבדים, המשמשים לו כמקום מסתור וכחיץ בינו לבין העולם הנברא.
ברמה המילולית, המילה יָשֶׁת פירושה ישים או יפרוש, והמילים סְבִיבוֹתָיו סֻכָּתוֹ מתארות את המסכים המקיפים אותו כמעין אוהל [ביאור שטיינזלץ]. הביטוי חֶשְׁכַת מַיִם עָבֵי שְׁחָקִים מתייחס לענני גשם כבדים במיוחד [ביאור שטיינזלץ], הנוצרים מהתעבות של אדים רבים העולים מגלי הים אל השמיים [אבן עזרא], ומכילים בתוכם כמות עצומה של מים היוצרים אפלה [מצודת דוד]. יש המציינים כי המילה "חשכת" מקבילה למילה "חשרת" המופיעה בפסוק המקביל בספר שמואל, ומשמעותה קשר והתלכדות של עננים [מאירי], שבהם מי הגשמים עוברים תהליך של המתקה [תורה תמימה].
הפרשנים מציעים מגוון רבדים להבנת מהותו של החושך האלוהי. גישה אחת רואה בחושך מסך הגנה הכרחי; מכיוון שנוכחות ה' כה עוצמתית, האפלה נועדה להסתיר את השכינה מפני בני האדם, פן יהרסו לראות וייפגעו. בעוד שעיקר השכינה נמצא עמוק פנימה בתוך החושך, ה"סוכה" מתבטאת בענני הכבוד שהם ההתפשטות החיצונית של הנוכחות האלוהית בעולם [אלשיך]. על אף המעטפת החשוכה, אין מדובר באפלה מוחלטת. החושך והעננים הם רק המחיצה החיצונית, אך בחדרים הפנימיים שוכן אור גדול, ומתוך מחיצת העננים בוקעים ועוברים ברד וגחלי אש [רש"י, תורה תמימה]. יש המרחיבים את ממד החושך עד לבריאת העולם, וקושרים אותו ליסודות הקדומים של "תוהו ובוהו", שמהם נבעו האפלה והמים הראשוניים [תורה תמימה].
לצד ההיבט התיאולוגי, החושך והסערה נושאים גם משמעות של הנהגה והשגחה, לעיתים כביטוי לדין. התקדרות העננים משמשת משל לירידת גזירות קשות על העולם המתרחשות בסתר, מבלי שעין אדם תוכל לראותן [אבן עזרא]. לחלופין, הסתרת הפנים בחושך מסמלת מצב שבו ה' מסלק את עזרתו והגנתו מבני האדם [מאירי]. מנגד, יש הרואים באפלה זו כלי נשק אקטיבי שה' מכין סביבו כדי להחשיך ולהכות את אויביו [מצודת דוד].
מנקודת מבט טבעית ודינמית, הסערה מתוארת כשרשרת אירועים מורכבת של ישועה וסכנה. תחילה, הרוח מקבצת עננים כבדים וחוסמת את האור. המים הרבים שבעננים יורדים כדי לכבות את אש האויבים והצרות שעל הארץ, ובכך מביאים הצלה. אולם, הצטברות העננים הדחוסים מובילה למאבק איתנים בתוך השמיים עצמם; החיכוך העז בין הקור של המים והברד לבין החום והאנרגיה העצורה בעננים, מייצר ברקים נוראים, רעמים וגחלי אש. כך, מתוך ההצלה על הארץ, מתעוררת סערה שמימית אדירה הממחישה את עוזו של ה' [מלבי"ם].