משבר חמור פוקד את הגר וישמעאל בלב המדבר. צידתם אוזלת, כוחותיהם כשלים, והאם נאלצת להתמודד עם גסיסתו של בנה. רגע זה מקפל בתוכו ייאוש עמוק, אך גם מהווה נקודת מבחן לאמונה ולהשגחה האלוהית.
המילים וַיִּכְלוּ הַמַּיִם מִן הַחֵמֶת (אזלו מי השתייה מכלי העור) מעוררות תמיהה: מדוע אזלו המים לפני הלחם, והרי אברהם נתן להם קצבה מדויקת ופרופורציונלית של מזון ושתייה? הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שישמעאל חלה, ודרכם של חולים לשתות הרבה, מה שגרם למים להסתיים מוקדם מהצפוי. אמנם מחלות טבעיות טרם היו קיימות בעולם באותה תקופה, אך ישמעאל נתקף בחום בשל עין הרע שהטילה בו שרה [דעת זקנים, מזרחי]. אברהם צייד אותם במים המספיקים לאדם בריא בלבד, שכן לא ידע שהחולי יחמיר, או שסבר כי מדובר בחולשה חולפת [משכיל לדוד, מזרחי]. בנוסף, אברהם שילח אותם רק עם מעט לחם ומים, ללא כסף או גמלים, משום שצווה על ידי ה' לשמוע בקול שרה, שדרשה את גירושם המיידי והמוחלט [רמב"ן, הטור הארוך]. מנגד, ישנה דעה כי המים אזלו משום שהגר תעתה בדרך המדבר, ואולי אף חזרה לעבודה זרה, וכך התעכבה ימים רבים עד שכלתה שתייתה [חזקוני, מזרחי]. התרוקנות המים מסמלת צרה פתאומית ומוות מגונה בצמא [קיצור בעל הטורים], אך מטרת התיאור היא ללמד את האדם שלא להיבהל כשהצרות מתרבות, אלא לבטוח בה' שיושיעו ברגע האחרון [רד"ק].
אף שישמעאל היה באותה עת נער בוגר, הכתוב מכנה אותו אֶת הַיֶּלֶד. הסיבה לכך היא שחוליו הקשה ותשישותו מהצמא נטלו ממנו את היכולת ללכת בכוחות עצמו, והוא הפך לחסר אונים ותלוי באמו ממש כמו ילד קטן [הכתב והקבלה].
הפועל וַתַּשְׁלֵךְ טומן בחובו משמעויות פיזיות ונפשיות. מבחינה מעשית, משעה שישמעאל התעלף ולא יכול היה ללכת, הגר נשאה אותו בחיקה [אבן עזרא] או על כתפה [רמב"ן, הטור הארוך, בכור שור]. כאשר כלו כוחותיה והיא סברה שהוא גוסס, היא הורידה אותו מעליה. אולם, מבחינה רגשית, ההשלכה מבטאת ייאוש מוחלט, הפקרה ועזיבה [רמב"ן, מלבי"ם, קונטרס חיבה יתירה]. יש מהפרשנים שמותחים ביקורת חריפה על התנהגותה של הגר, ורואים במעשה ההשלכה ביטוי לאנוכיות ואטימות. במקום להישאר לצד בנה, לחבק אותו ולהקל על ייסוריו ברגעיו האחרונים, היא זרקה אותו בחוסר תשומת לב, אולי אף בין קוצים, והתרחקה רק כדי לחסוך מעצמה את הכאב שבצפייה במותו [רש"ר הירש].
הגר מניחה את בנה תַּחַת אַחַד הַשִּׂיחִם, כלומר תחת אחד מאילנות או צמחי המדבר [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. מטרתה הייתה להגן עליו מפני השמש היוקדת, המגבירה את ייסורי הצמא [העמק דבר, רלב"ג, ביאור יש"ר]. מנגד, גישה מדרשית דורשת את המילה "שיחים" מלשון שיחה ודיבור; תחת אותם שיחים שפכו הגר וישמעאל את שיחם וטענו כלפי ה': כיצד ייתכן שהבטחת לנו עתיד וגדולה, וכעת אנו מתים בצמא? [שפתי כהן].