לאחר שפורטו חטאיהם ופשעיהם הרבים של בני ישראל, מגיע שלב העונש. המילה וַיִּתְאַנַּף מבטאת את כעסו של ה' בעקבות מעשיהם, והיא נגזרת מלשון אף וחימה [מצודת ציון, מצודת דוד, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
העונש על החטאים מתואר במילים וַיְסִרֵם מֵעַל פָּנָיו, והפרשנים מציגים שני רבדים להבנת "הסרה" זו. הרובד המרכזי והפיזי הוא הגירוש והגלות מן הארץ הנבחרת. מדובר בגלות שאליה נלקחו בני ישראל על ידי מלך אשור בימיו של הושע בן אלה [רש"י, מצודת דוד, אברבנאל]. מנגד, קיים גם רובד רוחני, לפיו הסרת ישראל מעל פני ה' משמעותה הסרת ההשגחה האלוהית מעליהם, כך שה' הסתיר את פניו מהם וחדל להביט ולטפל בענייניהם [מלבי"ם].
כתוצאה מעונש זה, לֹא נִשְׁאַר רַק שֵׁבֶט יְהוּדָה לְבַדּוֹ בארץ ובהשגחת ה' [מצודת דוד, מלבי"ם]. אף שהכתוב מציין את שבט יהודה לבדו, הפרשנים מסכימים כי הכוונה היא למלכות יהודה כולה. מלכות זו כללה בתוכה גם את שבט בנימין, שנחשב טפל ליהודה ונכלל עמו [רד"ק, אברבנאל], וכן אנשים משבט שמעון, שכן נחלתם הגיאוגרפית נקבעה בתוך גבולות נחלת יהודה [אברבנאל].