בניית המקדש מגיעה לשיאה בעיצוב החלל הפנימי והמקודש ביותר, הממוקם בקצה המערבי של המבנה. שלב זה מוקדש להכנת המקום המיועד לארון הברית, תוך שימוש בעצי ארז לחיפוי הקירות והגדרת גבולות הקדושה.
המילה מירכתי משמעותה סופו של הבית או צידו הפנימי [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. המילה נכתבת במסורה כ"מירכותי" אך נקראת "מירכתי" [מנחת שי, רד"ק]. הכתוב מתאר את בניית חלל עֶשְׂרִים אַמָּה בסוף ההיכל, המצופה בלוחות עץ ארז מן הקרקע ועד התקרה.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששלמה כיסה את קירות האבן של חלל זה בעצי ארז מהרצפה ועד לתקרה, בדומה לחיפוי שנעשה בהיכל עצמו, כהכנה לציפויים בזהב [רש"י, רד"ק, מצודת דוד]. לעומת זאת, יש הסבורים כי בעוד שהמבנה החיצוני של האבן הגיע לגובה שלושים אמה, החיפוי הפנימי מעץ בדביר הגיע לגובה עשרים אמה בלבד, כאשר החלק העליון נותר לחיפוי באבנים טובות [מלבי"ם].
הדגשת בניית אזור זה מעוררת שאלה לגבי כפילות התיאור לעומת הפסוקים הקודמים. ההסבר לכך הוא שהכתוב מבקש ללמד על סדר העבודה: מלאכת החיפוי והציפוי של המקדש לא החלה מההיכל החיצוני, אלא דווקא מבפנים. בשל קדושתו היתרה של המקום, בנייתו קדמה לכל השאר, בדומה למשה רבנו שהקדים את עשיית ארון הברית לשאר כלי המשכן [אברבנאל].
החלק השני של הפסוק, וַיִּבֶן לוֹ מִבַּיִת לִדְבִיר לְקֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים, מבהיר את תכליתו של החלל הפנימי. המילה לדביר מתייחסת למחיצה המפסקת בין ההיכל החיצוני לבין החלל הפנימי [רש"י, מצודת ציון]. הפרשנים מסכימים כי שלמה בנה מחיצה זו כדי להבדיל את עשרים האמות הפנימיות משאר המבנה, ובכך ייעד וקידש את החלל הפנימי להיות קודש הקודשים [רש"י, מצודת דוד, רד"ק, מלבי"ם].