תיאור המקדש מגיע אל לבו הפנימי והמקודש ביותר, קודש הקודשים. בנקודה זו מפורטים ממדיו המדויקים של החלל, הפאר העצום של ציפויו, ומקומו של מזבח הקטורת הניצב בסמוך לו.
המילה וְלִפְנֵי בצירוף וְלִפְנֵי הַדְּבִיר אינה מתארת את החלל שלפני החדר, אלא רוב הפרשנים מסכימים כי משמעותה "לפנים", כלומר החלל הפנימי של קודש הקודשים עצמו, הממוקם בצד מערב [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המפרשים שהכוונה היא לשטח המכוון ממש לפני ארון הברית או לפני פתח הדביר [רלב"ג].
באשר לממדי החדר, הכתוב מציין כי וְעֶשְׂרִים אַמָּה קוֹמָתוֹ. נתון זה מעורר קושי, שכן גובהו הכללי של מבנה המקדש תואר קודם לכן כשלושים אמה. הפרשנים מציעים שלוש דרכים עיקריות ליישב פער זה: הגישה הראשונה מסבירה כפשוטו שתקרת קודש הקודשים נבנתה נמוכה בעשר אמות מתקרת ההיכל [רש"י, מצודת דוד]. הגישה השנייה גורסת כי גובה החדר אכן היה שלושים אמה, אך הכתוב מתאר כאן רק את חיפוי העץ והזהב שהגיע עד לגובה עשרים אמה, בעוד עשר האמות העליונות נותרו מאבן חשופה או שצופו באבנים טובות ויקרות [רד"ק, מלבי"ם]. גישה שלישית, הנשענת על מסורת חז"ל, מסבירה שהמדידה של עשרים האמות מתחילה רק מהנקודה שמעל כנפי הכרובים, שגובהם היה עשר אמות, ומשם ועד לתקרה היו עשרים אמות נוספות [מצודת דוד, רד"ק, מלבי"ם].
את חלל הדביר ציפו בזָהָב סָגוּר, שהוא זהב טהור, יקר ומיוחד באיכותו [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. התואר "סגור" מוסבר בכמה אופנים: יש שפירשו שזהו זהב שנסגר בתוך כור הצורף כדי לטהרו מכל סיג ופסולת [מצודת ציון]. אחרים מפרשים זאת על שום ערכו הכלכלי העצום, שכאשר נפתחת חנות למכירתו, כל שאר החנויות נסגרות מפני שאין קונים לסחורות אחרות, או שמי שזוכה להשיג זהב כזה סוגר ושומר אותו לעצמו [רש"י].
בסוף הפסוק מתואר וַיְצַף מִזְבֵּחַ אָרֶז. הפרשנים מסכימים כי מדובר במזבח הקטורת שעמד בהיכל. הכתוב סומך את תיאור המזבח לתיאור הדביר משום שהוא ניצב מכוון ממש מול פתח קודש הקודשים, ומשום שסגנון בנייתו היה זהה למעשה קירות הדביר [רלב"ג, רד"ק, מצודת דוד]. המזבח עצמו היה עשוי כנראה מאבנים או אדמה, וצופה בלוחות של עץ ארז שממעל להם ציפוי זהב [רד"ק, מצודת דוד, מלבי"ם]. על כך עולה תמיהה מדוע נגנז מזבח העץ המקורי שעשה משה במדבר, והוצרכו לבנות ולצפות מזבח חדש [רש"י].