בשעות הבוקר המוקדמות, לאחר לילה מתוח של ציפייה ודאגה, אברהם חוזר אל אותה נקודה מדויקת שבה ניהל את המשא ומתן עם בוראו. הצירוף וַיַּשְׁכֵּם משמעו הליכה מוקדמת אל היעד [שד"ל, ביאור יש"ר]. השכמה זו לא נבעה משגרה רגילה, אלא מתוך מצוקה עמוקה; ליבו של אברהם היה נתון בצער על אנשי סדום ועל לוט בן אחיו, ומשום כך שנתו נדדה בלילה והוא קם מיד עם בקיעת השחר [מלבי"ם, צרור המור].
החזרה אֶל הַמָּקוֹם אֲשֶׁר עָמַד שָׁם אינה מקרית. זהו המקום המדויק שבו ליווה את המלאכים ונפרד מהם במראה הנבואה, והנקודה שבה עמד ביום אתמול בשעת תפילת המנחה כדי להתפלל עליהם [רד"ק, העמק דבר]. אברהם שב לשם משום שבאותו מקום שרתה עליו ההתגלות האלוהית, והוא ביקש להמשיך ולבקש רחמים על סדום ולוט, לאחר שהבין כי על פי שורת הדין היבשה אין להם כל זכות להינצל [ספורנו].
הפרשנים מדייקים כי עמידתו אֶת פְּנֵי ה' מסמלת פנייה אל מידת הרחמים. אברהם חשש שמא מידת הדין תפגע בלוט לפני שיספיק להינצל, ולכן קם להתפלל עליו שוב. הוא פעל מתוך ענווה עצומה ולא הזכיר את לוט במפורש בתפילתו, אך ה' זכר את זכותו של אברהם וחילץ את לוט מן ההפכה, אף שלוט עצמו לא היה ראוי להצלה בשל בחירתו לשבת בקרב אנשי סדום החטאים. אברהם לא ידע שבאותה שעה ממש, בזכות תפילתו, ההצלה כבר יצאה אל הפועל והמלאך נשלח לחלץ את לוט [אלשיך, צרור המור].
מתוך פעולתו של אברהם בפסוק זה, נלמדים שני יסודות מרכזיים בעולם התפילה. ראשית, המילים וַיַּשְׁכֵּם אַבְרָהָם בַּבֹּקֶר מהוות את המקור לכך שאברהם אבינו תיקן את תפילת שחרית. בכך הוא לימד את בני האדם את החשיבות להודות לאל על אור היום ולהתפלל מיד בבוקר, בטרם היציאה לעסקי החול [רד"ק, מלבי"ם, פרדס יוסף]. שנית, החזרה לאותו מקום בדיוק מלמדת על החובה לקבוע מקום מיוחד וקבוע לתפילה. מקום שבו אדם מתפלל ומקיים מצוות מושך אליו את קדושת השכינה והופך למוכן וראוי להארת פנים ולקבלת התפילות, בניגוד למקומות של חטא המושכים אליהם טומאה ופורענות [רד"ק, פרדס יוסף].