לאחר חורבנה המוחלט של סדום, מוצא עצמו לוט כפליט חסר כול. למרות שבתחילה מצא מקלט בעיר הסמוכה צוער, תחושת הביטחון שלו מתערערת במהירות, והוא נאלץ להימלט שוב אל השממה המבודדת.
הסיבה לעזיבתו מוסברת במילים כִּי יָרֵא לָשֶׁבֶת בְּצוֹעַר. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים נחלקת לשני כיוונים עיקריים באשר למהות הפחד של לוט. כיוון אחד מסביר שלוט פחד בשל קרבתה הפיזית של צוער לסדום [רש"י]. אף על פי שהמלאך הבטיח להציל את העיר, לוט חשש מההשלכות הטבעיות של ההפיכה, כגון רעידות אדמה, אש וגופרית שעלולות להתפשט ולהגיע גם אליה [מזרחי, גור אריה]. ייתכן שחשב כי ההפיכה תתפשט על פני כל הכיכר עד להר [ספורנו]. בנוסף, ייתכן שחשש כי העיר ניצלה רק באופן זמני מכיוון שסאת עוונותיה טרם התמלאה, אך בקרוב היא תישמד [גור אריה, דברי דוד], או משום שראה שהמכה החלה עוד בטרם הספיק להיכנס אליה ולכן איבד את אמונו בהבטחת ההצלה [העמק דבר].
מנגד, פרשנים רבים חולקים על כך וטוענים כי צוער הייתה מלכתחילה חלק מהערים שנגזרה עליהן השמדה. לוט הבין שהמלאך חס על העיר רק כהוראת שעה, משום שלא היה לו פנאי להימלט אל ההר באותו היום. כעת, משנח והיה לו זמן, הוא ירא להישאר בעיר מתוך הבנה שהארכה שניתנה לה תמה, והיא עתידה להיהפך [רמב"ן, רשב"ם, שד"ל, חזקוני, מלבי"ם]. גישה נוספת גורסת שלוט זיהה כי גם אנשי צוער רשעים, ופחד שאש ה׳ תבער גם בהם [רד"ק]. פירוש ייחודי מציע כי תושבי צוער ראו את האש מרחוק, סברו שמדובר בצבא אויב ויצאו כולם להילחם, וכך נספו כולם ולוט נותר לבדו בפחד [פענח רזא].
משעזב את העיר, מתואר כי וַיֵּשֶׁב בָּהָר, כלומר באותו הר ספציפי שאליו הורה לו המלאך להימלט בתחילה [רד"ק, ביאור יש"ר]. שם הכתוב מציין כי וַיֵּשֶׁב בַּמְּעָרָה, שכן לוט איבד את כל עושרו, צאנו ואוהליו בחורבן סדום. הוא נמלט בחוסר כול ונזקק למערה כמחסה בסיסי מפני הגשם והפגעים [מלבי"ם, ביאור יש"ר]. הכפילות בפסוק, המציינת שוב שהוא ישב במערה "הוּא וּשְׁתֵּי בְנֹתָיו", באה ללמד על ניסיון לשמור על צניעות. בעוד שבחוץ התהלכו יחד, בתוך חלל המערה הסגור לוט התרחק מבנותיו כדי שלא להגיע למצב של ייחוד, אף על פי שמן הדין הדבר מותר לאב ובנותיו [אלשיך].
בריחתו החפוזה של לוט מצוער השפיעה עמוקות על בנותיו. כאשר ראו שאביהן בורח משם בפחד, הן הניחו שמיד עם צאתם העיר אכן נחרבה. עובדה זו הובילה אותן למסקנה השגויה שכל העולם הושמד כליל, בדומה לדור המבול [רמב"ן, טור הארוך, מלבי"ם, ברכת אשר על התורה]. לחלופין, הן לא חשבו שכל העולם חרב, אלא שבהיותן ניצולות מאזור מקולל שהפך למוקד של חורבן, שום איש הגון לא יסכים להתחתן איתן [טור הארוך, הכתב והקבלה].
הפרשנים מסכימים כי בניגוד ללוט שהיה להוט אחר תאוות ועבירה, בנותיו פעלו מתוך מניעים טהורים ולשם שמים, מתוך מטרה נואשת לשמר את קיום המין האנושי, ולכן קיימו את המעשה רק פעם אחת כדי להתעבר ולא לשם זנות. בשל כוונתן למצווה, הן זכו לשכר היסטורי: מהן יצאו רות המואביה ונעמה העמונית, שמהן צמחה בסופו של דבר מלכות בית דוד [רבנו בחיי, הכתב והקבלה, צרור המור].