בסיומו של שבוע ההסגר השני, עומד החשוד בצרעת שוב בפני הכהן להכרעת דינו. מעמד זה קובע האם הנגע שעל עורו הוא צרעת טמאה או פריחה טהורה. הפרשנים מסבירים כי המילה שֵׁנִית מלמדת שלכתחילה ראוי שאותו כהן שבדק את האדם בראייה הראשונה, הוא זה שיבדוק אותו גם כעת, כדי שיוכל להשוות במדויק את מצב הנגע [תורה תמימה, מלבי"ם]. אם הכהן הראשון מת, יכול כהן אחר לבדוק במקומו [אדרת אליהו].
כדי לטהר את האדם, התורה מציבה תנאי: וְהִנֵּה כֵּהָה הַנֶּגַע וְלֹא פָשָׂה הַנֶּגַע בָּעוֹר. המילה כֵּהָה מתפרשת לרוב כהחלשה של מראה הנגע ולבנוניתו [רש"י, ביאור שטיינזלץ], אך יש המבארים כי אין מדובר רק בשינוי צבע, אלא בחולשה כללית של הנגע, שאיבד את כוחו להוליד סימני טומאה נוספים [שד"ל, מלבי"ם, ביאור יש"ר]. פירוש נוסף מציע כי המילה נגזרת מהמילה "כה", כלומר שיש לנגע התדמות לשלב הקודם שלו, או לחלופין שמדובר בלובן בוהק המכהה ומעוור את עין הרואה [הכתב והקבלה].
סביב משמעות התנאי הזה קיימת מחלוקת יסודית. הגישה הפשטנית גורסת כי הנגע חייב להפוך לכהה יותר ממראיתו המקורית כדי שהאדם יטוהר, אך אם הנגע נשאר בדיוק כפי שהיה ולא שינה את צבעו, האדם טמא [רש"י]. לעומת זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים חולקת על כך בתוקף, בהסתמך על מסורת ההלכה. לדבריהם, אם הנגע נשאר בדיוק כפי שהיה בסוף השבוע השני, ובלבד שלא התפשט, האדם טהור לחלוטין.
לפי גישה מרכזית זו, התורה השתמשה במילה כֵּהָה לא כתנאי הכרחי, אלא כדי לחדש הלכה: גם אם הנגע שינה את צבעו למראה נגע אחר, לא נחשיב זאת כנגע חדש הדורש הסגר מבראשית, אלא כל עוד הוא לא התפשט, הוא טהור [רמב"ן, העמק דבר]. פרשנים אחרים מוסיפים כי התורה מדגישה שאפילו אם הנגע דהה, אם הוא התפשט בעור, האדם טמא, שכן התפשטות הנגע היא הסימן המובהק לטומאה [גור אריה, הדר זקנים].
כאשר הכהן נוכח שהנגע לא התפשט, הוא מכריז מִסְפַּחַת הִוא. מילה זו מתארת שם של מחלת עור או חזזית שאין בה שום טומאה [רש"י, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ], או שמדובר בנגע טפל שנדבק במקומו ולא יוסיף להתפשט [העמק דבר, הכתב והקבלה].
למרות שהאדם הוכרז כטהור, התורה מצווה: וְכִבֶּס בְּגָדָיו וְטָהֵר. ציווי זה מעורר שאלה: אם הוא טהור, מדוע עליו לעבור תהליך של כביסה וטבילה? יש המסבירים כי מכיוון שהאדם היה נתון בהסגר ובמצב של ספק טומאה, הוא לא נזהר מספיק, ולכן נדרשת טבילה וכביסה כדי להוציאו מחשש זה [בכור שור, חזקוני]. אחרים מבארים שבימי הסגרו האדם אכן היה נחשב טמא בדרגה מסוימת וטימא את בגדיו ואת מה שישב עליו, וכעת הוא נדרש להיטהר מטומאה זו, אף שאינו זקוק לתהליך הטהרה המחמיר של מצורע מוחלט הכולל תגלחת וציפורים [תורה תמימה, רש"ר הירש, מלבי"ם].
בנוסף, הטהרה אינה חלה מאליה. הנגע אינו נטהר אלא רק לאחר מאמר הכהן המכריז "טהור אתה", ורק אז יכול האדם לכבס את בגדיו ולהשלים את טהרתו [אור החיים]. ברמה הרוחנית, ייתכן שסוג זה של נגע קל, המצריך רק כביסת בגדים, רומז לכך שהאדם נכשל באבק של לשון הרע, עוון קל יותר הדורש טהרה מתונה [אור החיים].