הבאת ביכורי קציר השעורים מהווה את קו התפר שבין ההודאה על החירות הפיזית לבין ההכנה לקבלת התורה. בטקס ייחודי זה, מובאת התבואה החדשה אל המקדש כביטוי של תלות מוחלטת בבורא, ורק לאחריו מותרת התבואה באכילה.
הפעולה המרכזית בטקס היא התנופה. התורה מצווה וְהֵנִ֧יף אֶת־הָעֹ֛מֶר, פעולה המורכבת מהולכה והבאה לארבע רוחות השמים, והעלאה והורדה [רש"י, מזרחי, גור אריה]. הפרשנים רואים בפעולה פיזית זו משמעות כפולה: במישור הטבעי, ההולכה וההבאה נועדו לעצור רוחות רעות, וההעלאה וההורדה נועדו לעצור טללים רעים שעלולים להזיק לתבואה [רש"י, שפתי חכמים, משכיל לדוד, העמק דבר]. במישור הרוחני, התנופה לכל הכיוונים מסמלת את ההכרה בכך שהשפע החומרי כולו שייך לה' והוא אדון הארץ, ובכך מבטלת את תחושת ה"כוחי ועוצם ידי" שעלולה להתעורר עם תחילת עונת הקציר [הכתב והקבלה, רש"ר הירש]. החומר המונף אינו שיבולים שלמות או קמח רגיל, אלא סולת מובחרת המעורבת בשמן ולבונה [רלב"ג, רש"ר הירש]. הבחירה במילה "עומר" אינה מקרית; היא מציינת את מידת הנפח המדויקת של המנחה (עשירית האיפה), וטומנת בחובה גם רמז להשתעבדות הרצון האנושי לעבודת ה' [הכתב והקבלה, מלבי"ם].
התורה מדגישה כי המנחה צריכה להיות מובאת לִֽרְצֹנְכֶ֑ם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי הקרבה מדויקת כהלכתה תביא לכך שהמנחה תתקבל ברצון לפני ה' ותפיק את מבוקשם של ישראל. עם זאת, יש המדייקים מילה זו כדי ללמד הלכה ייחודית: בניגוד לקרבנות ציבור אחרים שעליהם ניתן לכפות את העם, מנחת העומר חייבת לבוא מתוך רצון חופשי והסכמה פנימית של הציבור, ללא כפייה [תורה תמימה, פרדס יוסף].
מועד ההנפה, המוגדר במילים מִֽמׇּחֳרַת֙ הַשַּׁבָּ֔ת, מהווה את אחד המוקדים המרכזיים של הפולמוס הפרשני וההלכתי לאורך הדורות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים, הנסמכת על מסורת חז"ל, קובעת באופן מוחלט כי המילה "שבת" כאן אינה מתייחסת ליום השבת השבועי, אלא ליום טוב הראשון של חג הפסח (ט"ו בניסן). לפיכך, העומר מונף תמיד בט"ז בניסן [רמב"ן, רש"י, רלב"ג, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן].
גישה זו עמדה לאורך הדורות אל מול טענותיהן של כיתות שונות, כגון הצדוקים, הבייתוסים והקראים, שפירשו את הפסוק כפשוטו וטענו כי ההנפה צריכה להיעשות ביום ראשון בשבוע, מיד לאחר השבת שחלה בתוך ימי הפסח. הפרשנים הודפים פרשנות זו בשורת הוכחות חותכות. ראשית, אילו הכוונה הייתה לשבת בראשית, התורה לא הייתה מספקת ציון זמן ברור, ולא היינו יודעים לאיזו מכל שבתות השנה היא מתכוונת [רש"י, רמב"ן]. שנית, ראיה היסטורית מובהקת מצויה בספר יהושע, שם מתואר כי בני ישראל אכלו מתבואת הארץ "ממחרת הפסח", תיאור התואם בדיוק את המסורת שהעומר מוקרב מיד לאחר יום טוב הראשון של פסח, ובכך מתיר את התבואה החדשה [ביאור יש"ר, חתם סופר, רד"צ הופמן].
הפרשנים מציעים מספר הסברים מדוע בחרה התורה לכנות את יום טוב בשם "שבת". יש המסבירים כי יום טוב מאופיין בשביתה ממלאכה, ולכן ראוי להיקרא שבת [גור אריה, משכיל לדוד, רש"ר הירש]. אחרים רואים בכך ביטוי להשבתת החמץ [הכתב והקבלה]. בנוסף, השבת מהווה נקודת סיום שמיד אחריה מתחיל מניין חדש. קריאת יום טוב בשם "שבת" מלמדת שיום זה מהווה נקודת זינוק לתחילת ספירת שבעת השבועות [גור אריה]. ויש המפרשים את המילה "שבת" בפסוק זה במובן של "שבוע", כך שהכוונה היא שמיום הנפת העומר מתחילים למנות שבוע חדש במניין הספירה [רמב"ן, הטור הארוך].
מבחינה רעיונית, הסמיכות של הקרבת העומר ליום טוב הראשון של פסח אינה מקרית. לאחר שביום הראשון חגגו ישראל את חירותם הפיזית מעבדות מצרים, הם ניגשים מיד למחרת להקריב את ראשית יגיעם לה', ובכך מבטאים את המעבר מחירות לעול מלכות שמים, לקראת קבלת התורה [חתם סופר].
התורה חותמת את הפסוק בקביעת זהות המניף: יְנִיפֶ֖נּוּ הַכֹּהֵֽן. כפילות זו, לאחר שכבר נאמר בתחילת הפסוק "והניף", משמשת כבניין אב, ומלמדת שכל פעולות התנופה במקדש חייבות להיעשות על ידי כהן [תורה תמימה, אדרת אליהו, מלבי"ם].