התקופה שבין חג הפסח לחג השבועות מהווה גשר בין החירות הפיזית והשחרור מעבדות מצרים, לבין הייעוד הרוחני של קבלת התורה. ימים אלו מתאפיינים בציפייה דרוכה, בתהליך של היטהרות אישית, וכן במתח חקלאי סביב תבואת השדה.
המצווה נפתחת במילים וּסְפַרְתֶּם לָכֶם. בניגוד לספירת שנות השמיטה והיובל, המוטלת על בית הדין בלבד, ספירת העומר היא חובה אישית המוטלת על כל יחיד ויחיד [רמב"ן, תורה תמימה, מלבי"ם, רש"ר הירש, הופמן]. מעבר לחובה ההלכתית, עומד מאחורי הדרישה האישית גם טעם מעשי: עונת האביב היא תקופת הקציר, ובני אדם מפוזרים ועסוקים בשדותיהם. הספירה האישית מבטיחה שאיש לא ישכח את מועד העלייה לרגל בחג השבועות [טור, תולדות יצחק].
הפרשנים מדגישים כי המילה "לכם" אינה רק תוספת לשונית, אלא מצביעה על כך שהספירה נועדה לטובתו ולתועלתו הרוחנית של האדם [אור החיים, צרור המור]. יש המקשרים את השורש של המילה ספירה לאבן ה"ספיר", ומסבירים כי מדובר בתהליך של צחצוח, זיכוך והארה של הנפש והמידות [הכתב והקבלה, חומש קה"ת]. המקורות מדמים ספירה זו לאדם שהיה חבוש בבית האסורים והמלך הבטיח לו את בתו לאישה, והוא מונה את הימים מתוך התרגשות ותשוקה [תולדות יצחק, צרור המור]. בדומה לאישה הנדרשת לספור שבעה ימים נקיים כדי להיטהר, כך עם ישראל, שהיה שקוע בטומאת מצרים, נדרש לספור שבעה שבועות שלמים כדי להיטהר מהטומאה העמוקה ולהיות ראוי למעמד הר סיני [אור החיים, צרור המור, שפתי כהן].
התורה קובעת כי מועד התחלת הספירה הוא מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים, אשר נועדה בין היתר להוציא מדעת הצדוקים שפירשו זאת כיום ראשון בשבוע, היא שהמילה "שבת" כאן מתייחסת ליום טוב הראשון של חג הפסח, שהוא יום שבתון ממלאכה [רש"י, תורה תמימה, מלבי"ם, אבן עזרא, חזקוני]. הסיבה שהתורה השתמשה בביטוי זה ולא כתבה "ממחרת הפסח" היא כדי למנוע בלבול עם יום שחיטת קורבן הפסח (י"ד בניסן), ולו הייתה כותבת "ממחרת החג", היה ניתן להבין שיש להמתין עד סיום כל שבעת ימי החג. לכן, הביטוי המדויק ביותר הוא מחרת יום השביתה הראשון [תורה תמימה, מלבי"ם].
הספירה מתחילה מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה. קורבן העומר מובא מן השעורים, הנחשבים לרוב כמאכל בהמה, בעוד שבסוף הספירה, בחג השבועות, מביאים מנחה מן החיטים שהם מאכל אדם. התפתחות זו מרמזת על תהליך התיקון של הנפש הבהמית שבאדם, עד להגעתו למדרגה הרוחנית הראויה לקבלת התורה [חומש קה"ת, רבנו בחיי]. מתוך חיבור של פסוק זה עם פסוקים אחרים, למדו חכמים כי פעולות קצירת התבואה, הבאת העומר וספירת הימים חייבות להיעשות באותו צירוף זמנים, החל משעות הלילה [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
התקופה המוגדרת היא שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת. המילה "שבתות" בהקשר זה מתפרשת כשבועות [רלב"ג, בכור שור, ביאור יש"ר]. יש המבארים כי השבועות הללו נקראו "שבתות" מלשון שביתה והפסקה, שכן במהלך כל התקופה הזו ישנה שביתה ואיסור על הבאת מנחות מתבואה חדשה לבית המקדש, עד לחג השבועות [הכתב והקבלה]. פירוש נוסף מציע כי השבועות נמדדים סביב השבתות שבהם, כך שקדושת השבת משפיעה, מחנכת ומרוממת את ששת ימי המעשה הסובבים אותה, שבע פעמים ברציפות [רש"ר הירש].
הדרישה היא שהשבועות יהיו תְּמִימֹת. כדי שהספירה תהיה שלמה ומלאה לחלוטין, ללא כל חיסרון של זמן, חובה להתחיל לספור מיד בערב, עם כניסת הלילה, שכן היום ההלכתי מתחיל מהערב [רש"י, מלבי"ם]. דרישה זו לשלמות היא כה קפדנית, עד שיש פוסקים הסבורים כי מי שהחסיר יום אחד מתחילת הספירה או באמצעה, איבד את רצף ה"תמימות" ואינו יכול להמשיך לספור בברכה [תורה תמימה]. מעבר לממד הזמן הכמותי, המילה "תמימות" (בניגוד ל"שלמות") מצביעה גם על איכות רוחנית. התורה דורשת שהימים יהיו תמימים וטהורים מכל פגם מוסרי או רוחני [הכתב והקבלה].
מעבר לתהליך האישי והרוחני, ימי ספירת העומר הם גם ימי דין מתוחים שבהם העולם נידון על התבואה ועל פירות האילן. הספירה היומיומית מזכירה לאדם את התלות בה' בעונת הקציר הקריטית, ומעוררת אותו לשוב בתשובה ולהתפלל על הגשמים והיבולים [תולדות יצחק]. תוקף הדין השורר בימים אלו הוא גם הסיבה הנסתרת למנהגי האבלות הנהוגים בהם, והספירה בלילה נועדה בין היתר להמתיק ולהשקיט את מידת הדין הזו [צרור המור]. הפרשנים מציינים כי חובת הספירה ואיסור אכילת התבואה החדשה עומדים בתוקפם כחוקת עולם גם בזמן הזה ובחוץ לארץ, כזכר למקדש וכביטוי להמתנה המתמדת לגאולה ולבניין הבית [טור, רבנו בחיי, פרדס יוסף].