סיום ספירת העומר וההגעה ליום החמישים מהווים את שיאו של מסע רוחני ופיזי, המתחיל ביציאה מעבדות לחירות ומסתיים בקבלת התורה.
הפרשנים מסכימים כי המילים הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת אינן מתייחסות ליום השבת עצמו, אלא משמעותן היא השבוע השביעי [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה].
אחת השאלות המרכזיות שעולות מן הכתוב היא הפער המספרי: התורה מצווה לספור חֲמִשִּׁים יוֹם, בעוד שבפועל הספירה נמשכת ארבעים ותשעה ימים בלבד. הפרשנים מציעים מספר גישות ליישוב פער זה. הגישה המרכזית נשענת על תחביר הפסוק וטעמי המקרא. המילה תִּסְפְּרוּ מופרדת בטעם המקרא (טפחא) מהמילים שאחריה. לכן, הכוונה היא שיש לספור עד למחרת השבוע השביעי, כלומר ארבעים ותשעה ימים, וביום החמישים עצמו יש להקריב את המנחה [מנחת שי, רא"ש, רבנו בחיי, מזרחי, רלב"ג]. רש"י אף מוסיף כי המקרא מעט מסורס (הפוך בסדרו) כדי להעביר משמעות זו. גישה נוספת מסבירה שדרכה של התורה להשתמש פעמים רבות במספרים שלמים ומעוגלים, בדומה למספר מכות המלקות שמוגדר כארבעים אך בפועל הוא שלושים ותשע [אבן עזרא, תורה תמימה, הדר זקנים].
מעבר להסבר התחבירי, ישנה משמעות רעיונית עמוקה לספירה זו. ספירת ארבעים ותשעה הימים מייצגת עבודה פנימית של האדם, המטהר את עצמו שלב אחר שלב בדרכו לחירות מוסרית, בדומה לספירת ימי טהרה. היום החמישים אינו נספר על ידי האדם, משום שהוא מסמל את קבלת התורה – מתנה עליונה מאת ה׳ שניתנת מלמעלה ופורצת את גבולות היכולת וההשגה האנושית [רש"ר הירש, חומש קה"ת]. עצם פעולת הספירה מבטאת ציפייה ואהבה עזה לקראת קבלת התורה, כמשל לאדם שהשתחרר מבית האסורים ומונה בהתרגשות את הימים עד למועד שבו הבטיח לו המלך את בתו [בכור שור]. הספירה נמשכת ברצף וללא הפסקה ולכן מברכים עליה בכל יום [רא"ש, חזקוני], והיא מורכבת ממצווה כפולה – מניין של ימים ומניין של שבועות [תורה תמימה, רש"ר הירש, אדרת אליהו].
ביום החמישים הצטוו ישראל להביא מִנְחָה חֲדָשָׁה. מבחינה הלכתית, מדובר בקרבן "שתי הלחם" המובא מחיטים של יבול השנה החדשה, ורצוי שיובא מארץ ישראל [רמב"ן, תורה תמימה]. בעוד שמנחת העומר (שהובאה קודם לכן משעורים) התירה את אכילת התבואה החדשה לאדם הפרטי, המנחה הזו מתירה את השימוש בתבואה החדשה עבור קרבנות בית המקדש [רש"י, רשב"ם, רש"ר הירש, בכור שור]. הפרשנים מדגישים כי לא ניתן להקריב שום מנחה מהיבול החדש לפני הבאת מנחה זו [רלב"ג, מלבי"ם].
ברובד הסמלי והרעיוני, המילים מִנְחָה חֲדָשָׁה רומזות לתורה עצמה. התורה אינה מציינת תאריך מפורש לחג מתן תורה, כדי ללמדנו שדברי התורה צריכים להיות בעיני האדם כחדשים בכל יום ויום, כאילו קיבל אותם זה עתה מהר סיני. בנוסף, קרבן זה ייחודי בכך שהוא מורכב מלחם חמץ. החמץ מסמל את היצר הרע, והבאת המנחה דווקא באופן זה מדגישה שהתורה ניתנה לבני אדם ולא למלאכים, שכן היא משמשת כתבלין וכוח נגד ליצר הרע המצוי באדם [כלי יקר, פני דוד].