שובם של לוחמי ישראל ממלחמת מדין מלווה בהנחיות קפדניות של טהרה והבדלה. בניגוד למלחמות קודמות, כמו המערכות מול סיחון ועוג שבהן השתתף העם כולו ולכן טומאת המת הותרה בהן לציבור הרחב, למלחמת מדין יצאו רק שנים עשר אלף חלוצים. בנוסף לכך, המלחמה במדין כללה פשיטה על בתים ושלל, בניגוד למלחמות קודמות שנערכו בשדה הפתוח. בשל כך, חלו על לוחמי מדין דיני הטהרה במלוא חומרתם, והם נדרשו להעביר את עצמם ואת שללם תהליך היטהרות יסודי [פני דוד, הטור הארוך, פענח רזא, חזקוני].
מִחוּץ לַמַּחֲנֶה הלוחמים נצטוו לשהות מחוץ למחנה שכינה, כלומר שלא להיכנס לעזרת המשכן. אף שעל פי שורת הדין לטמא מת מותר להיכנס למחנה לויה, הם הודרו משם מפני כבוד השכינה השוכן בתוכם [רבנו בחיי, אבן עזרא, מזרחי]. בנוסף לכך, מכיוון שהלוחמים חזרו כשהם נושאים טומאה חמורה, והיה חשש סביר שבהיותם קבוצה גדולה הם יטמאו את שאר העם שלא השתתף בקרב, הם נדרשו לשבת מחוץ למחנה ישראל הרגיל כדי למנוע את התפשטות הטומאה להמון העם [הטור הארוך, העמק דבר, בכור שור, חזקוני].
כֹּל הֹרֵג נֶפֶשׁ וְכֹל נֹגֵעַ בֶּחָלָל הכתוב מקיש ומייצר השוואה בין מי שהרג לבין מי שנגע במת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שההורג נטמא משום שכלי הנשק שבו השתמש, כגון חרב, מקבל טומאה והופך להיות כמת עצמו. לכן, גם אם הלוחם לא נגע בגופה בפועל, ואפילו אם זרק חץ מרחוק, הוא נטמא בטומאת שבעת ימים מעצם החיבור לכלי שהרג [רש"י, רבנו בחיי, שפתי חכמים, מזרחי, העמק דבר]. מנגד, יש הסבורים כי הלימוד כאן מרחיב את דיני הטומאה למקרים של נשיאת המת, כך שגם אם ההריגה נעשתה באמצעות כלי עץ שאינו מקבל טומאה, הלוחם נטמא מעצם הזזת המת ונשיאתו על ידי הכלי [רמב"ן].
תִּתְחַטְּאוּ עליכם להיטהר באמצעות הזאת מי חטאת של פרה אדומה, כדין כל טמאי מתים [רש"י, רבנו בחיי, שטיינזלץ]. ציווי זה מדגיש כי אף על פי שגופות של גויים אינן מטמאות בטומאת אוהל, כלומר אינן מטמאות את מי ששוהה עמן תחת קורת גג אחת, הן בהחלט מטמאות במגע ישיר ובנשיאה, ולכן הלוחמים נזקקו להזאה [רש"י, רבנו בחיי, תורה תמימה, שפתי חכמים, חזקוני, מלבי"ם]. הטעם להבדל זה נעוץ בכך שהתואר "אדם", שנאמר בתורה לגבי טומאת אוהל, מתייחס לישראל בשל מעלתם הרוחנית ונפשם הנבדלת מן החומר [גור אריה].
אַתֶּם וּשְׁבִיכֶם צירוף השבויים המדינים לחובת הטהרה עורר דיון נרחב, שכן גויים אינם מקבלים טומאה כלל. גישה אחת מסבירה כי החובה אינה מוטלת על גופי השבויים, אלא על בגדיהם וכלי העור שבידם שנגעו בחללים, ואותם יש לטהר כדי שלא יטמאו את ישראל [רמב"ן, שד"ל, הטור הארוך]. גישה שנייה מפרשת כי הציווי מתייחס לשבויים עצמם, אך רק לאחר שיתגיירו. ברגע שהשבויים יבואו בברית ויהפכו לחלק מעם ישראל, הם יתחילו להיות מושפעים מדיני הטומאה, ואז יזדקקו להזאה כדי להיטהר מהטומאה שדבקה בהם בעבר [רש"י, רבנו בחיי, תורה תמימה, צפנת פענח, רש"ר הירש, ברטנורא, מלבי"ם, ברכת אשר]. דעה נוספת גורסת כי התורה פשוט החילה על השבויים דין מיוחד להטמא בהרוגי מדין ממש כמו ישראל, מאחר שהם נכנסו לכלל ישראל [רלב"ג].