מלחמת ישראל במדיין מתוארת כמערכה צבאית שנוהלה בקפדנות, תוך שילוב של דין קשה עם כללי לחימה מוגדרים. המילים וַיִּצְבְּאוּ עַל מלמדות כי בני ישראל הקיפו את מחנה מדיין, והמילה כַּאֲשֶׁר מציינת שעשו זאת בדיוק כפי שציווה ה' [ביאור שטיינזלץ]. הדגשה זו של קיום הציווי האלוהי באה ללמד על טוהר כוונותיהם של ישראל: הם לא יצאו למלחמה מתוך תאוות שלל וביזה, אלא אך ורק כדי לקיים את רצון ה', ולכן גם פעלו לא רק באמצעים צבאיים רגילים אלא מכוח הקדושה [שפתי כהן].
באשר לאופן ניהול המצור עצמו, קיימת מחלוקת בין המפרשים כיצד בדיוק ציווה ה' להקיף את העיר. גישה אחת גורסת כי הציווי היה להטיל מצור הרמטי מארבעת כיווני העיר, מבלי להותיר למדיינים כל פתח מילוט, וזאת במטרה לנקום בהם עד חורמה [מלבי"ם]. לעומת זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שבני ישראל הקיפו את העיר רק משלושה כיוונים, והותירו את הרוח הרביעית פתוחה כדי לאפשר למי שרוצה בכך לברוח ולהינצל [תורה תמימה, העמק דבר, מלבי"ם, ברכת אשר]. כלל מוסרי וצבאי זה עבר במסורת, ויושם לימים גם על ידי יהושע בן נון לפני כניסתו לארץ [תורה תמימה, העמק דבר]. מעבר להיבט של החמלה, ישנו גם היגיון טקטי בהשארת פתח מילוט: אילו היו סוגרים על האויב מכל עבר, המדיינים היו נלחמים בייאוש ובשארית כוחותיהם, מה שהיה מקשה מאוד על הכיבוש [תורה תמימה, ברכת אשר].
בסיום הקרב נאמר כי ישראל הרגו כָּל זָכָר. הפרשנים מסכימים כי הכוונה כאן היא לגברים הבוגרים בלבד, שכן הילדים הקטנים נלקחו בשבי יחד עם הנשים [רבנו בחיי, אבן עזרא].
קביעה זו של הריגת כל זכר מעוררת שאלה היסטורית: אם אכן כל הגברים נהרגו, כיצד שרדה אומת מדיין והמשיכה להילחם בישראל בתקופת השופטים? על כך ניתנו שני הסברים. לפי הדעה שהושאר פתח מילוט, הכתוב מתכוון שנהרגו כל הגברים שלא ברחו ונפלו בידי ישראל, אך בפועל רבים אכן נמלטו דרך הרוח הרביעית, והם אלו שהמשיכו את קיום האומה [ברכת אשר]. מנגד, לפי הדעה שהמצור היה מלא ושלא נותרו ניצולים, מוסבר כי ההשמדה המוחלטת התרחשה רק במחוז מדייני מסוים הסמוך למואב, בעוד שאזור מדייני אחר לחלוטין לא הותקף כלל באותה מלחמה, וממנו צמחה האומה מחדש [ברכת אשר].