עם שובם של לוחמי ישראל ממלחמת מדין כשהם נושאים עמם שלל רב, מציג בפניהם אלעזר הכהן מערכת הלכות מקיפה הנוגעת להכשרת כלים ולטהרתם. הדרכה זו אינה עוסקת רק בהיגיינה או בניקיון פיזי, אלא מציגה תפיסה עמוקה של העלאת החומר והכנסתו לתוך מעגל הקדושה הישראלי. מתוך דבריו עולה כי הכלים זקוקים לתהליך כפול: הסרת איסורי אכילה שנספגו בהם בעת שהיו בשימוש הגויים, וטהרה רוחנית מטומאה.
העיקרון המנחה להוצאת איסורי האכילה הבלועים בכלים מבוסס על הכלל "כבולעו כך פולטו". התורה קובעת כי כׇּל דָּבָר אֲשֶׁר יָבֹא בָאֵשׁ תַּעֲבִֽירוּ בָאֵשׁ. כלומר, אופן הכשרת הכלי נגזר ישירות מאופן השימוש בו. כלים ששימשו לצלייה ישירה על גבי האש, כגון שיפודים ורשתות, זקוקים לליבון באש ממש. לעומת זאת, כלים ששימשו לבישול באמצעות נוזלים רותחים, יוכשרו על ידי הגעלה במים רותחים. מפסוק זה לומדים הפרשנים כי טעם המאכל האסור הבלוע בדפנות הכלי נחשב לאיסור מן התורה ממש כגוף המאכל עצמו [תורה תמימה, אם למקרא].
לעומת זאת, לגבי כלים שתשמישם בצונן, כגון כוסות וצלוחיות שלא בלעו איסור בחום, נאמר וְכֹל אֲשֶׁר לֹא יָבֹא בָּאֵשׁ תַּעֲבִֽירוּ בַמָּֽיִם. סביב משמעות העברה זו במים קיימת מחלוקת בין הפרשנים. גישה אחת מסבירה כי הכוונה היא לטבילת הכלים במקווה מים [רש"י, מלבי"ם]. מנגד, יש החולקים וטוענים כי הפועל "תעבירו" אינו מציין טבילה, שכן לו זו הייתה הכוונה, התורה הייתה משתמשת בשורש ב.ו.א. לשיטתם, משמעות ההעברה במים היא שטיפה, שפשוף והדחה יסודית כדי להסיר את השאריות הפיזיות והחלודה שנדבקו בכלי מן המאכלים האסורים [רמב"ן, טור].
לאחר שלב הכשרת הכלי מאיסורי האכילה, התורה דורשת שלב נוסף של טהרה רוחנית: וְטָהֵר אַךְ בְּמֵי נִדָּה יִתְחַטָּא. על פי הפשט, מדובר בהזאת מי אפר הפרה האדומה שנועדו לטהר את הכלים מטומאת מת שדבקה בהם במהלך המלחמה [רשב"ם, ספורנו, שד"ל]. אולם, רוב הפרשנים מסבירים בעקבות דברי חז"ל, כי "מי נדה" מכוונים לכמות המים שבה אישה נידה טובלת לטהרתה, כלומר מקווה של ארבעים סאה. מכאן נלמדת ההלכה שכל כלי מתכת הנרכש מגוי, אפילו הוא כלי חדש לחלוטין שמעולם לא בושל בו איסור, חייב בטבילה במקווה [רש"י, רבנו בחיי, חזקוני].
טבילה זו אינה נועדה לניקיון, אלא להעלאת הכלי מטומאת הגויים והכנסתו תחת כנפי קדושת ישראל. ההתמקדות דווקא בכלי מתכת אינה מקרית. המתכת, המפיקה צליל בעת הקשה עליה, מסמלת את שליטתו השכלית והטכנולוגית של האדם בטבע. טבילת כלים אלו מדגישה כי תחת חוקי התורה, אפילו פעולה חומרית בסיסית כמו אכילה אינה נתונה ליצרים גופניים בלבד, אלא מרוממת למדרגה של חירות מוסרית ועבודת ה' [רש"ר הירש, תורה תמימה]. המילה יִתְחַטָּא מתייחסת לכלי כאילו היה אדם המטהר את עצמו, ומדגישה את השינוי הרוחני המהותי שעובר החפץ. גישה חריגה בקרב הפרשנים טוענת כי הפסוק אינו עוסק כלל בהגעלה ובהוצאת איסורי מאכלות, אלא מהווה הוראת שעה זמנית שנועדה ליצור ריחוק ותיעוב ספציפי כלפי כלי מדין, כעונש על כך שהחטיאו את ישראל [שד"ל].
שאלה מרכזית שעולה מתוך הכתוב היא מדוע ציוויים אלו של הגעלת כלים וטבילתם ניתנו דווקא כעת, לאחר מלחמת מדין, ולא נאמרו קודם לכן כאשר ישראל כבשו את ארצות סיחון ועוג ולקחו את שללם. הפרשנים מציעים לכך מספר הסברים. ההסבר המרכזי הוא ההבדל המהותי בין סוגי המלחמות: ארצות סיחון ועוג נועדו להיות חלק מנחלת ישראל, ולכן הותר ללוחמים ליהנות מכל שללם, לרבות אכילת מאכלים אסורים שנמצאו שם. מלחמת מדין, לעומת זאת, הייתה מלחמת נקמה גרידא בארץ שאינה שלהם, ולכן חלו בה כל איסורי האכילה הרגילים [רמב"ן, רבנו בחיי, תולדות יצחק]. הסבר נוסף נוגע לדיני טומאה: במלחמות סיחון ועוג השתתף כל העם, וקיים כלל שלפיו "טומאה הותרה בציבור". לעומת זאת, למדין יצא רק חלוץ של שנים עשר אלף לוחמים, ולכן הם חויבו בטהרה פרטית מלאה [ריב"א]. מעבר לכך, במלחמות הקודמות הלחימה התרחשה בעיקר בשדות הפתוחים, בעוד שבמדין הלוחמים פשטו על הבתים עצמם, שם מצויים כלי הבישול והאוכל, ולכן התעורר הצורך המיידי ללמדם את הלכות הכשרת הכלים [דעת זקנים].