היציאה למלחמת מדין לא הייתה מלחמת כיבוש רגילה, אלא מערכה צבאית שהונעה ממניעים מוסריים ורוחניים עליונים במטרה לנקום את נקמת ה' באומה שהחטיאה את ישראל.
הפרשנים שואלים מדוע משה רבנו, מנהיג העם, לא יצא בעצמו להוביל את המערכה. רוב הפרשנים מסבירים שמשה גדל ומצא מקלט במדין בצעירותו, והוא פעל על פי הכלל המוסרי: "בור ששתית ממנו מים אל תזרוק בו אבן" [רבנו בחיי, דעת זקנים, פענח רזא]. בנוסף, משה חשש שאם החיילים יתרשלו במלחמה, הם יתלו את האשמה בו ויטענו שהוא חס על המקום שבו גדל [כלי יקר]. אף על פי שמשה לא נכח פיזית, החיילים יצאו כשליחיו, וזכותו עמדה להם בקרב [העמק דבר].
אֶלֶף לַמַּטֶּה - מדוע נשלח כוח כה קטן של שנים עשר אלף לוחמים בלבד מול אומה עצומה וערים בצורות? הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמכיוון שישראלים רבים נכשלו בחטא הזנות עם בנות מדין, הם לא היו ראויים להילחם את מלחמת ה'. לכן, נבחרו בקפידה רק אנשים צדיקים לחלוטין [רמב"ן, הטור הארוך, צאינה וראינה]. שליחת כוח קטן כל כך נועדה גם להדגיש שניצחון המלחמה לא יושג בדרך הטבע, אלא באמצעות נס אלוהי [מלבי"ם]. יש המפרשים כי בפועל גויסו אלפיים איש מכל שבט – אלף יצאו לחזית ואלף נשארו לשמור על הציוד, כך שבסך הכל השתתפו עשרים וארבעה אלף איש, כנגד עשרים וארבעה אלף הישראלים שמתו במגפה בעקבות חטא מדין [כלי יקר]. נשיאי השבטים לא צורפו למערכה, כדי לא לבייש את שבט שמעון שנשיאו, זמרי בן סלוא, נהרג בחטא זה [קיצור בעל הטורים].
אֹתָם וְאֶת פִּינְחָס - הכתוב כופל את המילה "אותם" לפני ואחרי אזכורו של פנחס, כדי ללמד שפנחס היה שקול כנגד כל צבא הלוחמים גם יחד [רש"י, רבנו בחיי, שפתי חכמים, מלבי"ם]. בעוד שהחיילים ניהלו את המלחמה הפיזית, פנחס ניהל את המערכה הנסית והרוחנית [מלבי"ם].
הפרשנים מציעים מספר טעמים לבחירתו של פנחס להנהיג את המערכה, ולא את אביו אלעזר הכהן הגדול או את יהושע:
ראשית, פנחס הוא זה שהתחיל במצווה כאשר הרג את זמרי ואת כזבי המדיינית ועצר את המגפה, ולכן מן הראוי שהוא זה שישלים את המלאכה [רש"י, רבנו בחיי, תולדות יצחק, דעת זקנים]. בפרט, מכיוון שהרג את כזבי, ראוי היה שיהרוג גם את אביה, צור, מלך מדין [תולדות יצחק].
שנית, פנחס היה צאצא של יוסף. בעוד שיוסף נודע בכך ששמר על קדושתו ועמד בניסיון מול אשת פוטיפר, המדיינים הפקירו את בנותיהם לזנות. יתרה מכך, המדיינים היו מעורבים במכירת יוסף לעבדות. לכן, פנחס מזרע יוסף היה האיש המתאים ביותר לנקום את נקמת סבו ולהילחם בטומאת מדין [רש"י, גור אריה, כלי יקר, דברי דוד].
שלישית, פנחס מונה ל"משוח מלחמה" – הכהן שתפקידו ללוות את הצבא ולעודד את הלוחמים [רש"י, ספורנו, הכתב והקבלה]. משה גם ידע שפנחס ניחן בקנאות יוצאת דופן לה', ולכן סמך עליו שלא יחוס על האויב וישמיד אותו כליל [אור החיים, כלי יקר].
וּכְלֵי הַקֹּדֶשׁ - מה היו אותם כלים? הדעה הרווחת היא שמדובר בארון הברית ובציץ הזהב של הכהן הגדול [רש"י, רבנו בחיי, צאינה וראינה]. דעות אחרות סוברות שמדובר בארון בלבד [אבן עזרא], באורים ותומים [שד"ל, הכתב והקבלה], או שהכוונה היא לחצוצרות עצמן [רלב"ג]. לציץ היה תפקיד מכריע בקרב: הפרשנים מתארים כיצד מלכי מדין ובלעם הקוסם השתמשו בכישוף כדי לפרוח באוויר ולהימלט. פנחס הציג בפניהם את הציץ, שעליו חרוט שם ה', הכישוף הופר, והם צנחו אל מותם [רש"י, רבנו בחיי, צאינה וראינה, אלשיך].
וַחֲצֹצְרוֹת הַתְּרוּעָה - כלים אלו שימשו לא רק לארגון הצבא ולמתן אותות תנועה, אלא בעיקר לתרועה ולתפילה לעזרת ה' במהלך הקרב [רבנו בחיי, העמק דבר, הכתב והקבלה].
בְּיָדוֹ - מכיוון שאדם אחד אינו יכול לשאת פיזית בידיו את הארון, הציץ והחצוצרות בעת ובעונה אחת, המילה מתפרשת כ"ברשותו" או "תחת סמכותו" [רש"י, ספורנו, רש"ר הירש, ברטנורא].
לקראת סיום המערכה, מתברר כי משה לא נתן לחיילים פקודות מדויקות מעבר לציווי הכללי לנקום. הלוחמים פעלו כנהוג במלחמות, החריבו את הערים וסתמו מעיינות, אך השאירו בחיים את הנשים והילדים. משה קצף על כך מאוד, שכן הנשים המדייניות היו אלו שהחטיאו את ישראל, והן היו אמורות להיות המטרה המרכזית של הנקמה ושל הדין. עם זאת, כאשר ראה משה שהעם חפץ בשלל, הוא מחל להם והתיר את לקיחת הרכוש והטף הצעיר [רמב"ן, הטור הארוך].