סיום מלחמת מדין מציף שאלות מורכבות של מוסר, ציות ואחריות מנהיגותית, כאשר הניצחון הצבאי מתנגש עם הסכנה הרוחנית שאיימה על העם.
המילה וַיִּקְצֹף משמעותה שכעס משה [ביאור שטיינזלץ], והכעס הופנה כלפי פְּקוּדֵי הֶחָיִל, שהם הממונים, הפקידים והמפקדים שהובילו את המערכה הצבאית והיו אחראים לה [רש"י, רבנו בחיי, אבן עזרא, רש"ר הירש, אבי עזר]. אגב כך, המילה הֶחָיִל מבטאת בשפה העברית לא רק גבורה צבאית ופיזית, אלא גם שלמות רוחנית ומידותית [אם למקרא]. הפיקוד הבכיר, שָׂרֵי הָאֲלָפִים וְשָׂרֵי הַמֵּאוֹת, מנה מאה ושלושים ושניים שרים [רבנו בחיי, אבן עזרא].
הסיבה המרכזית לכעסו של משה הייתה העובדה שהמפקדים הותירו את הנשים המדייניות בחיים. משה חשש שמא העם חזר לקלקולו הראשון בחטא שיטים, אך החיילים הבהירו כי יצאו נקיים ממעשה עבירה, ואף הביאו קרבן כפרה על הרהורי הלב בלבד [תורה תמימה].
שורש המחלוקת בין משה למפקדים נבע מהבנת אופי המלחמה. השרים טעו ודנו את מלחמת מדין כשאר המלחמות באומות הרחוקות, שבהן מותר לקחת את הנשים והטף כשלל. משה קצף עליהם שלא הבינו כי מלחמה זו שונה בתכלית, שכן נשים אלו היו הגורם הישיר למלחמה ולחטא פעור בעצתו של בלעם [תורה תמימה, מלבי"ם]. אף שלא נצטוו במפורש להרוג את הנשים טרם היציאה לקרב, היה על השרים להבין זאת מעצמם. מכיוון שהדין קובע שאישה נוכריה שהכשילה יהודי חייבת מיתה, היה עליהם להרוג לכל הפחות את אותן נשים שהכירו בוודאות כמי שהחטיאו את העם [פני דוד, ברכת אשר]. גישה אחרת מסבירה שהמפקדים הבינו את הציווי "נקמת ה'" כמכוון מלכתחילה כלפי הנשים שהפקירו עצמן לעבודה זרה, בעוד "נקמת בני ישראל" כוונה לאנשים [פענח רזא]. מנגד, יש המסבירים שהמפקדים נמנעו מהריגת הנשים מתוך דקדוק בשליחותם; הם חששו שאם יוסיפו פעולה שלא נצטוו עליה במפורש, הם יעקרו את מעמדם כשלוחי ה'. בנוסף, החיילים עצמם היו צדיקים שהרגישו חסינים מפני יצר התאווה, אך השרים הואשמו בכך שלא השכילו להבין שהנשים יהוו מכשול עבור שאר העם שנשאר במחנה [חתם סופר].
הפרשנים מסכימים כי משה הפנה את זעמו דווקא אל פְּקוּדֵי הֶחָיִל ולא אל ההמון, משום שהחיילים הפשוטים פועלים על פי פקודות ואין להאשימם [רלב"ג, תורה תמימה]. מכאן נלמד יסוד מנהיגותי חשוב: כל סרחון וקלקול בדור תלוי בראש ובראשונה במנהיגים ובגדולים, שיש בידם הכוח למחות ולמנוע את החטא, ואם אינם עושים זאת האחריות מוטלת עליהם [רש"י, רבנו בחיי, רש"ר הירש].
שאלה בולטת שעולה מתוך הפסוק היא מדוע משה לא קצף על פנחס, שהיה המפקד העליון של המערכה. תשובה אחת היא שמשה חלק לו כבוד, כפי שנמנע מלכעוס על אהרן בחטא העגל וגער רק בבניו, ובמיוחד לאור העובדה שה' נתן לפנחס את "בריתו שלום" [הטור הארוך, העמק דבר, ברכת אשר]. הסבר נוסף חושף כי פנחס אכן מילא את חובתו ומיחה במפקדים על שהחיו את הנשים, אך הם סירבו להקשיב לו ופטרו את דבריו בטענה שהוא נוהג בקנאות יתרה [קונטרס חיבה יתירה].