השלכת יוסף אל הבור מהווה את נקודת המעבר של מזימת האחים משלב התכנון למעשה האלימות הפיזי. האחים מפשיטים את יוסף מאנושיותו, מתייחסים אליו כאל חפץ, ומשליכים אותו אל מעמקי האדמה. הכתוב מתעכב על תיאור מצבו הפיזי של הבור, פרט שמתברר כקריטי הן להבנת כוונתם המיידית של האחים והן לסכנות הסמויות שארבו ליוסף בתוכו.
המילה וַיִּקָּחֻהוּ כתובה במקור חסר אות וי"ו, כך שהיא נקראת בלשון יחיד. מכך לומדים הפרשנים כי לא כל האחים נטלו חלק פיזי שווה בתפיסתו, אלא אח אחד ספציפי לקח אותו בידיו והוא שמעון [קיצור בעל הטורים, רד"ק, רבנו בחיי, צאינה וראינה], ויש המוסיפים כי לוי סייע לו [מנחת שי]. בשעת ההשלכה, שמעון אף יידה ביוסף אבנים [הדר זקנים]. השימוש במילה אֹתוֹ מלמד על אטימותם באותם רגעים, שכן הם התייחסו אליו כאל חפץ דומם והשליכו אותו בעל כורחו מבלי להתחשב בתחנוניו [נתינה לגר, ביאור יש"ר].
לגבי תיאור הבור, הכתוב כופל את דבריו: וְהַבּוֹר רֵק אֵין בּוֹ מָיִם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהאחים וידאו מראש שאין בבור מים, משום שאם יוסף היה טובע, הדבר היה נחשב כאילו רצחו אותו במו ידיהם. מטרתם הייתה לקיים את ההסכם שקבעו ביניהם שלא לשלוח בו יד ישירות [רשב"ם, רד"ק, העמק דבר, חזקוני, בכור שור]. המילה רֵק מוסיפה שהבור היה ריק גם מאבנים, כך שראשו של יוסף לא יתרסק בעת הנפילה [העמק דבר]. מבחינה מעשית, ככל הנראה הייתה זו תקופת הקיץ, והאחים קיוו שימות שם בצמא [קונטרס חיבה יתירה, ביאור שטיינזלץ].
אולם, הכפילות התחבירית הובילה את הפרשנים למסקנה עמוקה יותר. העובדה שהכתוב מדגיש שוב ש"אין בו מים" לאחר שכבר ציין שהבור "ריק", מלמדת שמים אמנם לא היו בו, אך נחשים ועקרבים היו בו [רש"י, מזרחי, ריב"א, רא"ש, דעת זקנים]. הבור מוגדר כ"ריק" משום שנחשים ועקרבים אינם נחשבים לתוכן קבוע הממלא את הבור, אלא הם יצורים ארעיים הנכנסים ויוצאים מתוך סדקים וחורים [שפתי חכמים, גור אריה, הדר זקנים]. הימצאותם של הנחשים דווקא אינה מקרית; מדובר בעונש של מידה כנגד מידה. כשם שהנחש הקדמון חטא בלשונו, כך יוסף, שהביא את דיבת אחיו ודיבר עליהם לשון הרע, הושלך למקום של נחשים [כלי יקר, פרדס יוסף]. המילה הַבֹּרָה רומזת למילה "הברה", המעידה על כך שניתן היה לשמוע את קולות הרחישה וההד של אותם מזיקים [שפתי כהן].
נוכחותם של הנחשים מעוררת קושי מהותי: כיצד ייתכן שראובן, שרצה להציל את יוסף, הסכים להשליכו לבור מלא נחשים? יתרה מכך, אם האחים ראו שיוסף שורד בבור כזה, היה עליהם להבין שנעשה לו נס גלוי ושהוא צדיק, וכיצד העזו למכור אותו לאחר מכן? הפרשנים מסכימים כי האחים, וראובן בתוכם, כלל לא ידעו על קיומם של הנחשים והעקרבים. היצורים הארסיים הסתתרו בתוך נקיקי הסלעים שבדפנות הבור [רמב"ן, הכתב והקבלה, דברי דוד, צאינה וראינה]. הסבר נוסף הוא שהבור היה עמוק מאוד, למעלה מעשרים אמה, ועומק כזה אינו מאפשר לעין האנושית להבחין בנעשה בתחתיתו [תורה תמימה, פרדס יוסף]. לפיכך, הצלתו של יוסף מהכשות הנחשים הייתה נס נסתר שהעיד על זכויותיו הרבות, אך נעלם מעיני אחיו [משכיל לדוד, חומש קה"ת].
ברובד הרעיוני, הפרשנים רואים בתיאור הבור הריק אלגוריה למצבם הרוחני של האחים באותה עת. הבור הריק מסמל את "בורם" של בני יעקב, שהתרוקן מדברי תורה המשולים למים. אילו היו מים של תורה בתוכם, הם היו מבינים את חומרת האיסור של גניבת נפש ומכירת אח, והיו נמנעים ממעשה נורא זה [רבנו בחיי, שפתי כהן, חתם סופר, חומש קה"ת].