שבר עמוק פוקד את משפחת יעקב, וסביב האב האבל מתקבצת המשפחה כולה בניסיון לאחות את הקרעים, אך ללא הועיל. האבל חורג מגבולות הזמן והטבע, וטומן בחובו סודות שהדמויות עצמן אינן מודעות להם במלואן.
כאשר הכתוב מציין כי קמו וְכׇל־בְּנֹתָיו לנחמו, מתעוררת השאלה מיהן אותן בנות, שהרי ידוע כי ליעקב הייתה רק בת אחת, דינה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לכלותיו, נשי בניו, או לנכדותיו (כדוגמת שרח בת אשר), שכן מקובל וטבעי שאדם קורא לכלותיו בנות [רש"י, רמב"ן, רד"ק, אבן עזרא, חזקוני ועוד]. פרשנים אחרים מסבירים כי ליעקב אכן היו בנות נוספות שלא הוזכרו בשמן משום שלא אירע להן מאורע מיוחד, או שנישאו לבני משפחתן ולכן לא נמנו בנפרד [שד"ל]. גישה מדרשית מוסיפה כי עם כל אחד מהשבטים נולדה אחות תאומה, ואותן נשאו האחים לנשים [רש"י, רד"ק, דעת זקנים, שפתי חכמים].
למרות הניסיונות הרבים, שכללו את התייצבותם של כל צאצאיו הרבים מתוך כוונה להראות לו שעוד נותרו לו בנים להישען עליהם [אור החיים], יעקב דוחה את הנחמה – וַיְמָאֵן לְהִתְנַחֵם. סירובו העיקש נובע מכלל רוחני ופסיכולוגי עמוק: גזירה היא על המת שישתכח מן הלב בחלוף הזמן, אך אין אדם מקבל תנחומין על אדם חי שהוא סבור שמת. מכיוון שיוסף היה למעשה בין החיים, נפשו של יעקב סירבה באופן תת־מודע למצוא מנוח [רש"י, כלי יקר, רבנו בחיי, תורה תמימה]. עולה השאלה, אם כן, מדוע לא הבין יעקב בעצמו מתוך חוסר יכולתו להתנחם שיוסף עודנו חי? על כך משיבים הפרשנים במספר דרכים: יעקב תלה את המשך צערו בכך שמעולם לא מצא את גופת בנו ולא התייאש מקבורתו, ולכן מבחינתו דיני האבלות טרם החלו וטרם הסתיימו [גור אריה, לבוש האורה]. אחרים מסבירים שיעקב חש אשמה כבדה על כך ששלח את בנו יחידו למקום סכנה אל אחים ששונאים אותו, והייסורים העצמיים מנעו ממנו נחמה [ספורנו, חזקוני, קונטרס חיבה יתירה]. בנוסף, יעקב חשב שהוא בוכה לא רק על בנו, אלא גם על עצמו, שכן איבד את הבן החכם שהיה אמור להמשיך את מסורת התורה שקיבל [נחל קדומים].
בצערו, מצהיר יעקב: כִּי־אֵרֵד אֶל־בְּנִי אָבֵל שְׁאֹלָה. הצירוף אֶל בְּנִי מתפרש כפשוטו – אני ארד אליו, אצטרף אליו למיתה [רד"ק, שד"ל]. אולם, פרשנים רבים מסבירים כי המילה "אל" כאן משמעותה "על" או "בגלל". כלומר, בעבור מות בני ובגללו, ארד באבלי אל הקבר [רש"י, אבן עזרא, חזקוני, מזרחי]. המילה שְׁאֹלָה מתפרשת לרוב כקבר, בטן הארץ והמקום השפל שאליו יורד האדם בסוף ימיו, ומשמעותה שיעקב קבל עליו אבלות לכל ימי חייו [אבן עזרא, רד"ק, רלב"ג, רש"ר הירש]. עם זאת, רובד פרשני עמוק יותר קושר את ה"שאול" לגיהנום. בידי יעקב הייתה מסורה הבטחה מפי ה׳ שאם לא ימות אחד מבניו בחייו, הוא מובטח שלא יראה פני גיהנום. משחשב שיוסף מת, נשבר ביטחונו, והוא חרד שמא נגזר עליו לרדת לגיהנום, ולכן אבלו היה כפול – על בנו ועל נפשו שלו [רש"י, רבנו בחיי, כלי יקר, גור אריה].
הפסוק נחתם במילים וַיֵּבְךְּ אֹתוֹ אָבִיו. על פי הפשט, מדובר ביעקב שהמשיך לבכות את יוסף לבדו, בעוד שאר בני המשפחה – ששנאו את יוסף או השלימו עם המצב – לא הזילו דמעה עמו [רלב"ג, מחוקקי יהודה]. הבכי מתואר כהתפרצות פנימית של רגש שאינו מרפה, כאשר יעקב נושא את בנו בלבו ללא הרף, ודמעה זולגת מעיניו גם כאשר אחרים סביבו ממשיכים בחייהם [רש"ר הירש]. אולם, קו פרשני בולט ומפתיע קובע כי "אביו" כאן אינו יעקב, אלא יצחק, אביו של יעקב, שעדיין היה בין החיים באותה עת. יצחק ידע ברוח הקודש שיוסף חי, ולכן לא נהג מנהגי אבלות, אך הוא בכה מתוך כאב עמוק על צערו וייסוריו של יעקב בנו. יצחק לא יכול היה לגלות ליעקב את האמת, משום שהאחים שיתפו את ה׳ בחרם שלא לחשוף את הסוד, ויצחק הבין שאין רצון ה׳ שהדבר יתגלה ליעקב בשלב זה [רש"י, רד"ק, דעת זקנים, שפתי חכמים, גור אריה].