רשימות היוחסין של שבט יהודה מנציחות את שמותיהם של ער ואונן, אף על פי שמתו עריריים ולא הותירו אחריהם צאצאים שהשפיעו על המשך השושלת [ביאור שטיינזלץ]. מעבר לתיעוד ההיסטורי, פרשנות סמלית עמוקה רואה באזכור זה רמז לקורותיו של עם ישראל לאורך הדורות, כאשר בני שבט יהודה מייצגים את האומה כולה [אור החיים].
על פי גישה זו, השמות עֵר וְאוֹנָן מסמלים את שני בתי המקדש. השם עֵר רומז לבית המקדש הראשון, תקופה שבה ה' היה במצב של עירות והשגיח על עמו בהשגחה גלויה. לעומתו, השם אוֹנָן מסמל את בית המקדש השני, והוא נדרש מלשון הונאה וחיסרון, שכן חסרו בו דברים עיקריים שהיו בבית הראשון.
המילים וַיָּמׇת עֵר וְאוֹנָן מתפרשות כרמז לחורבן שני בתי המקדש. המיתה מסמלת את סילוק השכינה מהמקדש, בדומה לנפש שעוזבת את הגוף ומותירה אותו ריק וטמא. יתרה מכך, העוונות שהביאו למותם של ער ואונן מקבילים לעוונות שגרמו לחורבן: חטאו של ער קשור לפגם מוסרי של השחתה, בדומה לעבירות שהחריבו את הבית הראשון, ואילו חטאו של אונן, שמנע חסד מאחיו, מסמל את שׂנאת החינם וההונאה ההדדית שהחריבו את הבית השני [אור החיים].
סיום הפסוק, המציין כי מותם אירע בְּאֶרֶץ כְּנָעַן, נושא גם הוא משמעות כפולה. ברמה הגיאוגרפית, הוא מצביע על מיקומו של המקדש. ברמה הרוחנית וההיסטורית, הוא רומז לסיבה המרכזית שהובילה להידרדרות המוסרית ולחורבן: הישארותם של הכנענים בארץ משום שעם ישראל לא הוריש אותם במלואם, דבר שהטה את העם מדרך הישר [אור החיים].