לאחר התבוסה הצבאית שנחלו במלחמתם מול האמורי, שבו בני ישראל למחנה וביקשו לבטל את הגזירה שנגזרה עליהם בעקבות חטא המרגלים. הגישה המרכזית בקרב חלק מהפרשנים (רמב"ן, אור החיים וביאור שטיינזלץ) היא שהמילים וַתָּשֻׁבוּ וַתִּבְכּוּ לִפְנֵי ה' מתארות תהליך חיובי של חרטה, הכנעה ותשובה כנה על חטאם. משה מזכיר זאת כאן לשבחם, ומקשר אירוע זה לאבל הכבד המוזכר בספר במדבר (חזקוני).
לעומת זאת, פרשנים אחרים רואים את הבכי באור שלילי. הכתב והקבלה טוען כי הבכי לא נבע מתוך תשובה אמיתית, אלא רק מתוך כאב על התבוסה והנסיגה מפני האויב. ספורנו מוסיף כי גם אם הייתה זו תשובה, היא לא הייתה שלמה, שכן היא נבעה מיראת העונש בלבד, לאחר שהגזירה כבר נחתמה. שפתי כהן מציע כי הבכי היה מאולץ ומלאכותי ונוצר על ידי התעוררות מכוונת, ולכן הכתוב מדייק ומציין שה' לא שמע בְּקֹלְכֶם – בקול ההמולה שעוררו – ולא אמר שלא שמע "בבכייתכם".
באשר לתוכן התפילה שנישאו באותו בכי, בכור שור מסביר כי העם התחנן לזכות ולרשת את הארץ. העמק דבר מציע כי העם הבין שאת עצם שבועת ה' שלא ייכנסו לארץ לא ניתן בשום אופן לבטל, ולכן הם בכו בתקווה לבטל לפחות את גזירת הטלטול והנדודים במדבר.
הסיבות לדחיית התפילה מגוונות. רמב"ן מבאר כי גזר דין שלוּוה בשבועה אלוקית אינו יכול להתבטל. ספורנו מדגיש כי חטאם יצר חילול ה' כה חמור, עד ששום תשובה לא הספיקה כדי למרק אותו בעולם הזה, אלא מיתה בלבד. רלב"ג מוסיף כי ה' דחה את תפילתם כדי לייסרם, מתוך מטרה שיקבלו מוסר וייטב להם בעתיד. עם זאת, המלבי"ם מציין שלמרות שהגזירה לא בוטלה לחלוטין, התשובה והבכי בכל זאת הועילו להם במידת מה.
הפרשנים עומדים על הכפילות בתיאור הסירוב האלוקי בפסוק. העמק דבר מחלק בין שני סוגי תפילות: וְלֹא שָׁמַע ה' בְּקֹלְכֶם מתייחס לדחיית הזעקה הפשוטה והכאב היוצא ממרמור הלב, ואילו וְלֹא הֶאֱזִין אֲלֵיכֶם מתייחס לדחיית התפילה המסודרת והמנוסחת היטב. רש"ר הירש מוסיף כי ה' לא רק שלא מילא את מבוקשם, אלא אף לא האזין לבכיותיהם כדי להקל או לרכך את העונש.
לבסוף, רש"י (ובעקבותיו שפתי חכמים וברטנורא) מצביע על השימוש בשם ה' בפסוק, המייצג במסורת את מידת הרחמים. העובדה שדווקא שם זה מופיע בהקשר של דחיית תפילה, מלמדת על חומרת החטא – עוונם היה כה כבד, עד שכביכול גרמו למידת הרחמים האלוקית להתנהג באכזריות. שפתי כהן מוצא בדחיית התפילה הזו רמז היסטורי כאוב, ורואה בה הקבלה לחורבן הבית הראשון והשני בליל תשעה באב, עת נחסמו שערי תפילה ולא הועילו הבכיות.