סופו של שר הצבא יואב בן צרויה מגיע אל קצו, כאשר פקודת ההוצאה להורג מתבצעת במקום קדוש, ולאחריה הוא נקבר במיקום שמעורר דיון נרחב ומשקף את דמותו המורכבת.
המילה וַיַּעַל מתארת את עלייתו של בניהו אל אוהל ה' שבהר ציון. מקום זה, שבו עמדו הארון והמזבח שיואב אחז בקרנותיו, היה ממוקם באזור גבוה מבחינה טופוגרפית [רד"ק, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
תיאור ההוצאה להורג במילים וַיִּפְגַּע־בּוֹ וַיְמִתֵהוּ מעורר קושי הלכתי ומעשי, שכן בניהו היה כוהן שעליו חל איסור להיטמא למתים. המפרשים מעלים כמה אפשרויות ליישוב הדבר: ייתכן שבניהו הכה את יואב אך סילק את ידיו לפני שיצאה נשמתו כדי להימנע מטומאה, או שמצוות המלך דחתה את איסור הטומאה. עם זאת, גישה אחרת גורסת כי בניהו, בהיותו שר צבא ואדם רם מעלה, כלל לא ביצע את ההריגה או את הקבורה במו ידיו. הוא נתן את הפקודה לשליחי בית הדין או לאנשיו, והכתוב מייחס לו את המעשה, לרבות הקבורה, משום שהדבר נעשה בציוויו ובאחריותו המלאה כממלא מקומו של יואב [אברבנאל].
מקום קבורתו של יואב, בְּבֵיתוֹ בַּמִּדְבָּר, זוכה למגוון פירושים. ברמה הפשטנית, הפרשנים מסבירים שאין הכוונה בהכרח לשממה מוחלטת, אלא לאזור מרעה פתוח על גבול המדבר, מחוץ לאזור המיושב והמעובד. ליואב היה בית באזור זה שבו רעו עדריו, והוא נקבר מחוץ לבית או לצידו, לכיוון המדבר [רד"ק, מצודת דוד, רלב"ג, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
מעבר לפשט, הצירוף בַּמִּדְבָּר נדרש על ידי הפרשנים לשבח ולגנאי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים רואה בכך עדות לנדיבותו העצומה של יואב: ביתו היה פתוח ומופקר לעניים ללא הגבלה, ממש כשם שהמדבר מופקר ופתוח לכול. יואב הקים במדבר אכסניה שנועדה לארח ולזון עוברי אורח ועניים מרודים. הוא נקבר דווקא שם כדי להנציח את מעשיו הטובים, ומתוך תקווה שהעוברים והשבים, שנהנו משולחנו ומהכנסת האורחים שלו, יתפללו על נשמתו [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל, מלבי"ם]. בנוסף, נדרש כי כשם שהמדבר נקי מגזל, כך גם ביתו של יואב היה נקי מכל רכוש גזול [רד"ק].
מנגד, קיימת גישה הרואה בקבורה במדבר ביטוי לריחוק חברתי הולם. לפי תפיסה זו, אדם שהרג אנשים במרמה ובתחבולה אינו ראוי להיקבר בתוך יישוב תרבותי ומדיני, ולכן המדבר המבודד והמרוחק הוא מקום המנוחה הראוי עבורו [רלב"ג, אברבנאל]. לבסוף, יש הרואים במילה בַּמִּדְבָּר תיאור סמלי למצבו של עם ישראל כולו: עם מותו של שר צבא כה גדול ומשמעותי כיואב, נותרו ישראל חשופים ומיותמים, כאילו הפכו למדבר שממה [רד"ק, אברבנאל].