רגע של הכרעה פוליטית ואישית מגיע לשיאו, כאשר שר הצבא הוותיק מבין כי בריתות העבר שלו עומדות לעלות לו בחייו, והוא נמלט לבקש מקלט מדיני ודתי.
המילים וְהַשְּׁמֻעָה בָּאָה עַד יוֹאָב מעוררות את השאלה מה בדיוק שמע יואב שהוביל לבריחתו. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שיואב שמע על הוצאתו להורג של אדוניהו ועל גירושו של אביתר הכהן, והבין שכשותף למרד, חייו בסכנה [מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש הסבורים כי השמועה שהגיעה אליו הייתה צוואתו של דוד לשלמה להוציאו להורג [רש"י], או שמועה על כך ששלמה עצמו משתמש בהשוואה בין המרידות השונות כדי להוכיח את בגידתו של יואב [אלשיך].
הכתוב מדגיש כי יוֹאָב נָטָה אַחֲרֵי אֲדֹנִיָּה וְאַחֲרֵי אַבְשָׁלוֹם לֹא נָטָה. ההשוואה למרד אבשלום נועדה להדגיש את חומרת מעשהו של יואב ואת מניעיו. אם יואב היה תומך באבשלום, היה ניתן לטעון שהוא פועל מתוך אידיאולוגיה של תמיכה בבכור או שהוא נגרר אחר רוב העם. אך מכיוון שדווקא במרד אבשלום הוא נותר נאמן לדוד, תמיכתו הנוכחית באדוניהו חושפת מניע אישי. היא מעידה על שנאתו לשלמה ועל החשש שלו מפניו, ביודעו ששלמה יבקש להענישו על רצח אבנר ועמשא [מצודת דוד, רד"ק, מלבי"ם]. יש המפרשים כי יואב למעשה רצה להצטרף גם למרד אבשלום, אך חשש לעשות זאת כל עוד דוד היה בשיא כוחו, ואילו בימי אדוניהו, כשדוד הזדקן ונחלש, הוא העז למרוד בגלוי [רש"י, רד"ק].
דעה נוספת מציעה כי יואב חש אשמה כפולה: גם על כך שהמליך את אדוניהו בניגוד לרצון דוד, וגם על כך שבניגוד למרידתו הנוכחית, במרד אבשלום הוא לא שמע בקול דוד והרג את אבשלום במקום להצילו [רלב"ג]. מנגד, ייתכן שיואב כלל לא ראה בתמיכתו באדוניהו מרד, אלא מהלך טבעי של העברת שלטון בעקבות זקנתו של דוד. הוא העדיף את אדוניהו מסיבות אישיות, או משום שסבר שייחוסו חזק יותר, שכן אמו חגית נישאה לדוד בדרך המקובלת, מה שרמז על פגם בייחוסו של שלמה בנה של בת שבע [ביאור שטיינזלץ, חומת אנך]. מרידה זו נחשבת לחמורה במיוחד, שכן היא מופנית נגד רצון דוד, נגד שלמה, ונגד נבואת נתן הנביא [חומת אנך, רד"ק].
מתוך פחד, יואב בורח אֶל אֹהֶל ה', המקום בירושלים שבו שכנו הארון והמזבח, במטרה לקבל חסות. הוא מחליט כי וַיַּחֲזֵק בְּקַרְנוֹת הַמִּזְבֵּחַ, מתוך מחשבה ששלמה לא יעז לטמא את המקום הקדוש ולהורגו שם [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ, רד"ק]. עם זאת, הפרשנים מציינים כי בבהלתו, יואב עשה שלוש טעויות הלכתיות בסיסיות בדיני עיר מקלט: ראשית, המזבח קולט ומגן רק על כהן שעוסק בעבודה, ואילו הכתוב מדגיש וַיָּנָס יוֹאָב כדי לרמז שהוא אדם מישראל; שנית, רק מזבח בבית המקדש הקבוע קולט, ואילו כאן מדובר על אֹהֶל ה' הזמני; ושלישית, ההגנה ניתנת רק למי שנמצא על גג המזבח, ואילו יואב נאחז בְּקַרְנוֹת הַמִּזְבֵּחַ [מלבי"ם, אלשיך].
מעבר לכך, האחיזה במזבח ממילא אינה מועילה לרוצח במזיד או למורד במלכות, שניתן להוציאו להורג גם משם [רלב"ג]. מתוך הבנה זו, יש המפרשים שיואב עזב בהמשך את קרנות המזבח ונעמד בסמוך לו, במקום המסמל את מושב הסנהדרין. הוא עשה זאת בתקווה להישפט על ידי בית דין ולא על ידי המלך, שכן רכושו של מי שמוצא להורג על ידי בית דין עובר ליורשיו, בעוד שרכושו של מורד במלכות מוחרם לטובת אוצר המלך [אלשיך].