לאחר השלמת כל טקסי ההקדשה והקרבנות שנעשו בידי אדם, הקדושה האמיתית והסופית של המשכן אינה נובעת ממעשי האדם, אלא אך ורק מנוכחות השכינה המהווה חותם של הסכמה אלוהית [רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ].
המילה וְנֹעַדְתִּי מבטאת קביעת מועד ומקום מפגש. ה' קובע את המשכן כמקום קבוע ומוגדר לתקשורת עמו, בדומה למלך הקובע מקום מיוחד כדי לדבר עם עבדיו [רש"י, מזרחי, גור אריה, ביאור יש"ר]. נוכחות זו אינה מוגבלת רק לזמני הדיבור עם משה, אלא מהווה ייעוד תמידי וקבוע [העמק דבר], ומרמזת גם על היות המשכן מקום מיוחד לתפילה [אבן עזרא הקצר]. באשר למיקום המדויק של ההתוועדות, יש הסבורים כי מדובר במזבח הנחושת שבו נגלה ה' לעיני כל העם, ויש הסבורים כי מדובר באוהל מועד עצמו, מבין הכרובים [רבנו בחיי, חתם סופר].
ההבטחה וְנִקְדַּשׁ בִּכְבֹדִי משמעותה שהמשכן יהיה מובדל ומרומם על ידי השראת השכינה בתוכו [אבן עזרא, רש"י, העמק דבר]. עצם העובדה שה' מזמן את נוכחותו למען עם ישראל, היא הסיבה לכך שהמקום מתקדש בכבודו [קאסוטו]. פרשנים רבים מסבירים כי הבטחה זו התממשה בפועל ביום השמיני לחנוכת המשכן, כאשר כבוד ה' נראה לעין כל העם ואש ירדה מהשמים ואכלה את הקרבנות [רשב"ם, חזקוני, מלבי"ם].
רובד פרשני נוסף ומרכזי, המבוסס על דברי חז"ל, מציע קריאה שונה של המילה בִּכְבֹדִי. כדי למנוע כפילות עם הפסוק הבא, הפרשנים מסבירים שיש לקרוא מילה זו כ"במכובדיי", כלומר באנשים המכובדים והקרובים אל ה' [רש"י, משכיל לדוד]. לפי גישה זו, טמון כאן רמז נסתר למשה רבנו על מותם הטראגי של בני אהרן, נדב ואביהוא, ביום הקמת המשכן. דרכם התקיים הכלל "בקרוביי אקדש", שבו ה' מקדש את שמו על ידי הפעלת מידת הדין כלפי צדיקים [רש"י, רבנו בחיי, הכתב והקבלה, צרור המור].
הסיבה לכך שהמשכן נחנך דווקא באופן זה היא חינוכית. מכיוון שה' משרה את שכינתו בקרב העם, קיים חשש שמא יזלזלו בכבוד המקום או יחשבו שהקרבנות מכפרים גם על חטאים שנעשו במזיד. מותם של בני אהרן נועד להטיל יראה, להציב גבולות ברורים, ולהוכיח שקדושת המשכן אינה מגנה על מי שחוטא בזדון [אור החיים, תורה תמימה].