טקס חנוכת המשכן מגיע לשיאו באכילת קורבנות המילואים. אהרן ובניו נצטוו לאכול מבשר האיל ומהלחם, בפעולה שאינה רק סעודה אלא חלק בלתי נפרד מתהליך הכפרה וההקדשה שלהם לתפקידם.
הציווי וְאָכְלוּ אֹתָם מתייחס לאהרן ולבניו, והפרשנים מדגישים כי הם אוכלים את הקורבן מתוקף היותם הבעלים שלו, ולא רק מתוקף היותם כוהנים. בשל כך, בשר זה נאסר לאכילה אפילו על משה, ששימש באותם ימים ככוהן, אך לא היה בעל הקורבן [אור החיים, העמק דבר]. יתרה מכך, המילה "אותם" נראית לכאורה מיותרת, שכן הכתוב כבר ציין מי יאכל, אך היא באה ללמד שהאכילה עצמה היא זו שפועלת ומחילה את הכפרה [מלבי"ם].
מתוך המילים אֲשֶׁר כֻּפַּר בָּהֶם למדו חז"ל יסוד מרכזי בהלכות קורבנות: "כוהנים אוכלים ובעלים מתכפרים". כלומר, פעולת האכילה של הכוהן נחשבת לעבודה ממש, והיא זו שמשלימה את כפרתו של מביא הקורבן. במקרה ייחודי זה של ימי המילואים, אהרן ובניו הם גם הכוהנים האוכלים וגם הבעלים המתכפרים [הכתב והקבלה, תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם, פרדס יוסף]. באשר למהות הכפרה, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהקורבנות הללו נועדו לנקות את אהרן ובניו מכל חטא, זרות ותיעוב שעשו בעבר, ויש הממקדים זאת בכפרה ספציפית על מעשה חטא העגל [חזקוני].
המשך הפסוק, לְמַלֵּא אֶת יָדָם לְקַדֵּשׁ אֹתָם, מבאר את מטרת התהליך. הפרשנים מסכימים כי אין הכוונה שפעולת האכילה עצמה היא זו שמקדשת אותם, אלא הקורבנות עצמם, האיל והלחם, הם האמצעי שדרכו מוענקת להם קדושת הכהונה [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, דברי דוד]. מנגד, יש מי שרואה באכילה עצמה זכות רוחנית המסייעת להם להתמלא בכוח לעבודת הקודש מבלי להתעלף או להיכשל [העמק דבר].
הפסוק חותם באזהרה וְזָר לֹא יֹאכַל, כאשר המונח "זר" מתייחס לכל מי שאינו מזרע אהרן, כגון לוי או ישראל [אבן עזרא, ביאור יש"ר]. בניגוד לקורבנות שלמים רגילים, שבהם הבעלים יכולים לחלוק את הבשר עם אנשים זרים, קורבנות המילואים נידונו ברמת קדושה מחמירה ולכן נאסרו לזרים [העמק דבר]. איסור זה חל רק כאשר הבשר ראוי לאכילה על ידי הכוהנים בקדושה [תורה תמימה].
הנימוק לאיסור, כִּי קֹדֶשׁ הֵם, מוגדר על ידי הפרשנים כקודשי קודשים. נימוק זה אינו מוגבל רק לאירוע החד פעמי של ימי המילואים, אלא משמש כמקור הלכתי לדורות. מכאן נלמדת האזהרה הכללית בתורה שכל זר האוכל מקודשי הקודשים עובר על איסור [רש"י, מזרחי, גור אריה, מלבי"ם, דברי דוד].