השלמת תהליך הקדשת הכהנים מגיעה לשיאה לא רק בהקרבת הקרבנות על המזבח, אלא גם באופן שבו מכינים ואוכלים את בשר הקרבן. שלב זה מסמל את המעבר ממעמד רגיל אל נשיאה בכהונה, והאכילה עצמה מהווה חלק בלתי נפרד מהכפרה ומהחלת הקדושה על אהרן ובניו.
הציווי למשה וּבִשַּׁלְתָּ מעלה נידון מרתק באשר לזהות המבשל. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשה לא נדרש לבשל את הבשר בעצמו, אלא משמעות המילה היא ציווי והוראה לאחרים לעשות זאת, בדומה לביטויים במקרא המתארים את שלמה המלך כמי ש"בנה" את המקדש, אף שעשה זאת בפועל על ידי פועלים [אבן עזרא, אבי עזר]. עם זאת, קיימת התלבטות שמא מדובר בהוראת שעה ייחודית לימי המילואים, שבה נדרש שדווקא כהן (ומשה שימש ככהן בימים אלו) יבצע את הבישול. ייתכן שהדבר נבע מכך שהאירוע התרחש בשבת, ולזרים היה אסור לבשל, או כדי לשמור על רמת הקדושה של התהליך כולו [רמב"ן, פרדס יוסף]. בפועל, התורה מתעדת מאוחר יותר שמשה אכן ציווה על אהרן ובניו לבשל את הבשר [מלבי"ם, פרדס יוסף].
הדרישה לבשל את הבשר בְּמָקֹם קָדֹשׁ מכוונת לחצר אוהל מועד, היא העזרה [רש"י, רלב"ג, גור אריה, שטיינזלץ]. הפרשנים מסבירים כי הגבלה זו מצביעה על מעמדו החריג של איל המילואים. בדרך כלל, קרבן שלמים מוגדר כ"קדשים קלים" ומותר באכילה לכל אדם טהור בכל רחבי העיר. אולם, איל המילואים הוחרג מכלל זה והועלה לדרגת קדשי קדשים, בדומה לזבחי שלמי ציבור. משום כך, חלו עליו החומרות המחמירות ביותר: אכילתו ובישולו הוגבלו אך ורק לתחומי חצר המשכן, והוא נאסר לחלוטין באכילה למי שאינו כהן [רש"י, רמב"ן, מזרחי, שפתי חכמים, ביאור יש"ר].
הגבלה מקומית זו אינה רק עניין טכני, אלא בעלת משמעות סמלית עמוקה. אכילת הבשר על ידי הכהנים בחצר המשכן היא המשכו הישיר וסיומו של תהליך הכפרה. דרך אכילה זו, המבטאת את הכלל לפיו הכהנים אוכלים והבעלים מתכפרים, מפנימים אהרן ובניו את קדושתם החדשה וזוכים ליהנות באופן אישי מהמעמד הרם שאליו נכנסו [רש"ר הירש].