תהליך הקידוש של הכהנים מתחיל בניתוקם מסביבתם הרגילה והכנסתם אל המרחב המקודש, צעד המלווה בהיטהרות פיזית ורוחנית עמוקה. הכתוב מורה להביא את הכהנים אֶל פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד, ביטוי המכוון אל חצר המשכן או מבוא האוהל [שד"ל, רלב"ג]. המילה פתח אינה רק תיאור גיאוגרפי של מקום, אלא גם מסמלת התחלה של דבר חדש ומעבר למציאות אחרת [רלב"ג].
הפעולה המרכזית בשלב זה היא וְרָחַצְתָּ אֹתָם, והפרשנים מסכימים כי אין מדובר כאן ברחיצה מועטה של ידיים ורגליים בלבד, אלא בטבילה מלאה של כל הגוף במקווה [רש"י, גור אריה, שטיינזלץ]. הבנה זו נשענת על דיוק לשוני במילה בַּמָּיִם: האות בי"ת מנוקדת בפתח, המיידעת את המילה ומצביעה על המים הידועים. בניגוד לרחיצת הידיים והרגליים שעליה נאמר בתורה המילה "מים" באופן כללי, כאן מדובר בשיעור מים מוגדר וידוע המספיק כדי שכל גוף האדם ייכנס לתוכו, מידה שקבעו חכמים כארבעים סאה [מזרחי, שפתי חכמים, ביאור יש"ר, דברי דוד]. עם זאת, יש מי שמפרש את הפסוק לא כסדר פעולות עוקב, אלא כפעולה מקדימה, ולפיו משמעות הציווי היא שכבר היית צריך לרחוץ אותם במים טרם הבאתם והלבשתם בבגדי הכהונה [אבן עזרא].
לטבילה זו ישנה משמעות סמלית רחבה. המים מחוברים לקרקע ומייצגים את היסוד הראשוני של הבריאה, יסוד טהור שאינו מקבל טומאה. הכניסה אל מתחת למים מנתקת את הכהנים לחלוטין מהווייתם הקודמת ומחזירה אותם למצב שורשי ונקי, לקראת עתיד חדש. העובדה שמשה הוא זה שרוחץ אותם, מבטאת את הרעיון שהאומה כולה, שמשה משמש כנציגה הבכיר, היא זו שמרימה ומקדשת את הכהנים לתפקידם [רש"ר הירש]. במבט היסטורי ורוחני רחב יותר, תהליך המילואים כולו, הפותח ברחיצה זו, נועד להשלים ולתקן את הפגמים הרוחניים שנוצרו בעולם בעקבות חטאי אדם הראשון ובניו, ולהשיב את הבריאה כולה לשלמותה המקורית [צרור המור].