תהליך חנוכת המשכן כלל מערכת מורכבת של עבודות שנמשכו שבעה ימים, ובהן עבר המזבח עצמו תהליך של הכנה רוחנית. אף שעיקר תשומת הלב בימי המילואים הופנתה לקידושם של אהרן ובניו הכהנים, תהליך זה מלמד כי גם המזבח הדומם היה זקוק לטיהור וקידוש בטרם יוכל לשמש כמוקד לעבודת ה'.
הציווי וּפַר חַטָּאת תַּעֲשֶׂה לַיּוֹם מורה כי יש להקריב את פר החטאת בכל אחד משבעת ימי המילואים [אבן עזרא, ביאור יש"ר, שטיינזלץ]. הפרשנים שואלים מדוע היה צורך לחזור ולציין זאת, שהרי התורה כבר ציוותה על שבעת ימי המילואים. התשובה לכך היא שהפסוק בא לחדש ולהדגיש את מטרתו הייחודית של הפר. בעוד שקורבנות האילים והלחם הובאו כדי לכפר על הכהנים עצמם ולהכשירם לתפקידם, פר החטאת הובא בכל יום במיוחד עבור חיטוי המזבח [רש"י, העמק דבר, מזרחי, שפתי חכמים].
ביחס למילים עַל הַכִּפֻּרִים, קיימות שתי גישות מרכזיות. הגישה הראשונה מסבירה כי המילה "על" משמעותה "בשביל", כלומר הפר מובא לשם כפרה וטיהור המזבח מכל זרות ותיעוב [רש"י]. הגישה השנייה והנפוצה יותר מפרשת את המילה "על" במובן של "בנוסף". לפי פירוש זה, יש להקריב את הפר בנוסף לשני האילים שהם עיקר הכפרה של אהרן ובניו [רמב"ן, אבן עזרא, חזקוני, טור הארוך, ביאור יש"ר].
הדרישה לכפר על מזבח דומם, כפי שעולה מהמילים בְּכַפֶּרְךָ עָלָיו, מעוררת פליאה, והפרשנים מציעים לכך מספר הסברים מעניינים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים, הנשענת על מדרש תורת כהנים, היא שהכפרה נועדה לנקות את המזבח מחשש של גזל. קיים היה חשש שמא במהלך איסוף התרומות למשכן, אנשים התנדבו מתוך לחץ חברתי או בושה, ולא בלב שלם. תרומה שניתנת בחוסר רצון מוחלט נחשבת כמעין גזל, והמזבח נזקק לכפרה כדי שלא ייבנה על יסודות פגומים אלו [רש"י, רמב"ן, הכתב והקבלה, דברי דוד]. גישה פילוסופית יותר מסבירה כי המזבח מייצג אידיאל מוסרי עליון, אך הוא נבנה על ידי בני אדם בשר ודם, שעלולים להיות נגועים בחולשות מוסריות ובמניעים לא טהורים. הכפרה נועדה לנתק את המזבח מפגמי העבר של בוניו, ולהבטיח שייצג רק את השלמות האלוהית העתידית [רש"ר הירש]. מנגד, יש המקשרים את הצורך בכפרה לאירועים היסטוריים או גיאוגרפיים. ייתכן שהכפרה נדרשה עבור אדמת המזבח עצמה, שמא בעבר התקיימה עליה עבודה זרה [אבן עזרא הקצר], או לחלופין, כדי לכפר באופן ספציפי על המזבח שאהרן בנה בחטא העגל [שפתי כהן, משכיל לדוד].
הפעולה המעשית של טיהור המזבח מתוארת במילה וְחִטֵּאתָ. מבחינה לשונית, השורש ח.ט.א משמש בדרך כלל לתיאור חיסרון או עוון, אך כאשר הוא מופיע בבניין פיעל, משמעותו מתהפכת והוא מורה דווקא על הסרת החטא והטיהור ממנו [ביאור יש"ר, אבן עזרא הקצר]. פעולת החיטוי עצמה נעשתה על ידי זריקת דם הפר או נתינתו באצבע על קרנות המזבח [רש"י, רלב"ג, שטיינזלץ].
לאחר טיהור המזבח בדם, מגיע השלב הסופי המתואר במילים וּמָשַׁחְתָּ אֹתוֹ לְקַדְּשׁוֹ. משיחה זו נעשתה באמצעות שמן המשחה המיוחד [רש"י, רלב"ג, ביאור יש"ר]. שלב זה מלמד כלל רחב בעבודת המקדש, לפיו כל כלי שדורש קידוש, זקוק לפעולת משיחה בשמן [העמק דבר]. פעולת המשיחה עצמה לא נעשתה בצורה אקראית, אלא המזבח נמשח בצורה מיוחדת כמין האות כ"ף היוונית, כצורת הצטלבות [רש"י, רלב"ג, שפתי חכמים].