תהליך קידושם של אהרן ובניו לכהונה עובר משלב ההכנות אל המעשה הפיזי הראשון של הקרבת הקרבנות. פעולת השחיטה הפותחת את סדר העבודה דורשת דיוק בזהות המבצע, בכוונתו ובמיקום המדויק של העשייה במרחב המקודש.
הציווי וְשָׁחַטְתָּ מופנה אל משה, אשר תפקד ככהן לאורך כל שבעת ימי המילואים. משה ביצע את כל עבודות הקרבן בעצמו, כדי שאהרן יראה את סדר העבודה וילמד ממנו [אבן עזרא, ביאור יש"ר]. באשר לשאלה האם משה היה מחויב לבצע את השחיטה בעצמו, קיימת מחלוקת. יש הסבורים כי בשל קדושתו העצומה של המעמד, בדומה לעבודת כהן גדול ביום הכיפורים, השחיטה לא הייתה כשרה אם הייתה נעשית על ידי אדם זר שאינו כהן [רלב"ג]. לעומת זאת, יש הטוענים כי ככלל, שחיטת קרבנות כשרה גם על ידי כל אדם מישראל. מאחר שקרבן זה היה קרבן ציבור שנועד לכפר על אהרן ובניו, משה, כנציג ישראל שהם בעלי הקרבן, היה כשר לכתחילה לשחוט, בעוד אהרן ובניו רק סמכו את ידיהם על הפר מאחר שהכפרה הייתה עבורם [העמק דבר]. ברמה הרעיונית, פעולת השחיטה של הפר מסמלת ביטול עצמי; מי שנועד להיות מנהיג, המיוצג על ידי הפר, חייב לחדול מלחיות רק למען עצמו, ולמסור את כל ישותו לה' מול פתח המקדש [רש"ר הירש].
הדרישה לשחוט לִפְנֵי ה' מכוונת לכך שפניו של השוחט צריכות להיות מופנות לכיוון קודש הקודשים [רלב"ג]. עמידה זו נובעת מהסידור המדויק של כלי המשכן, שבו ארון הברית שניצב באמצע הצד המערבי היה מכוון בדיוק מול מזבח הקטורת ומול מזבח העולה [אבן עזרא].
באשר למיקום המדויק, רוב הפרשנים מסכימים כי המילים פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד אינן מתארות שחיטה בפתח האוהל ממש, אלא בחצר המשכן הנמצאת לפני הפתח [רש"י]. הסיבה לכך היא שפר זה הוא קרבן חטאת, ודינה של חטאת להישחט דווקא בצדו הצפוני של המזבח. המזבח עצמו לא עמד בפתח האוהל אלא במרחק מה ממנו בתוך החצר, כאשר הכיור חצץ ביניהם [מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, ביאור יש"ר]. מנגד, ישנה דעה ייחודית המסבירה כי במהלך שבעת ימי המילואים היה למשכן דין של במה, ובבמה אין כלל משמעות לצד צפון. לכן, התורה לא דרשה לשחוט בצפון כמקובל בחטאת, אלא הסתפקה במיקום הכללי של פתח אוהל מועד, בדומה לדין קרבן שלמים לדורות [העמק דבר].