הקמת המשכן והכשרת הכוהנים לעבודה אינן מסתכמות רק בפעולות פיזיות וטקסיות, אלא דורשות חותם אלוהי המעניק להם את קדושתם המוחלטת. חתימת תהליך זה מחלקת את השראת השכינה לשני רבדים משלימים: קידוש מקום העבודה, וקידוש העובדים עצמם [מלבי"ם].
ההדגשה במילה וְקִדַּשְׁתִּי מבהירה את היחס שבין פעולת האדם לפעולת האל. ה' אומר למשה כי אף על פי שהוא נצטווה קודם לכן לקדש את המשכן ואת הכוהנים בעצמו, פעולתו האנושית היא רק סמל והכנה. לאחר שמשה מסיים את חלקו, ה' משלים את התהליך, מוסיף על מעשה ידיו של משה ויוצק לתוכו את הקדושה האמיתית והעליונה [שפתי כהן, קאסוטו].
תחילה מובטחת קדושת המקום – אֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת הַמִּזְבֵּחַ. האוהל מתקדש מעצם נוכחותו של כבוד ה' בתוכו, והמזבח הסמוך לפתחו מתקדש יחד עמו [אבן עזרא]. קדושה זו לא הייתה רק רוחנית ומופשטת, אלא באה לידי ביטוי מוחשי בעשרה נסים קבועים שהתרחשו באוהל מועד, ובאש שמימית שירדה על המזבח ושרפה את הקורבנות במהירות פלאית. עוצמת קדושתו של המקום התבטאה גם בסכנה ובאזהרה החמורה לכל מי שיעז לגשת אליו ללא רשות [העמק דבר]. יש המקשרים קידוש זה לאירועי היום השמיני למילואים: ההתגלות הפומבית לעיני כל העם התרחשה סביב המזבח החיצון, ולאחר מכן התקדש המקום באופן טרגי במותם של נדב ואביהו, ורק אז החל ה' לדבר אל משה מתוך אוהל מועד עצמו [חתם סופר].
בשלב השני, מתקדשים האנשים – וְאֶת אַהֲרֹן וְאֶת בָּנָיו אֲקַדֵּשׁ לְכַהֵן לִי. מכיוון שהם המשרתים המיועדים לפעול במרחב המקודש, הם זקוקים לקדושה מיוחדת משלהם [אבן עזרא]. ה' מבטיח להעניק להם סיוע משמיים כדי להעלותם לדרגת הקדושה הראויה. בזכות העובדה שקידשו את עצמם מעט בעולם הזה, הם זכו לקידוש עליון ועוצמתי הרבה יותר, עד שקדושתם של אהרן ובניו בדור המדבר הייתה גבוהה לאין שיעור מזו של הכוהנים בכל הדורות שבאו אחריהם [העמק דבר].