ברגע השיא של המבחן על הר הכרמל, אליהו בוחר לפעול בניגוד מוחלט לכל היגיון טבעי. בעוד שנביאי הבעל ניסו להבעיר אש בשיא חום הצהריים, אליהו ממתין לשעות הערב הקרירות ודורש להציף את המזבח במים, פעולה המנוגדת לחלוטין להבערת אש.
הוראתו של אליהו מתוארת בשלבים: תחילה הוא מצווה מִלְאוּ אַרְבָּעָה כַדִּים מַיִם וְיִצְקוּ, כלומר ישפכו את המים על העולה והעצים. הפועל וְיִצְקוּ משמש כאן בלשון ציווי מהשורש י.צ.ק [רד"ק, מנחת שי, ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד]. לאחר מכן הוא מורה שְׁנוּ – שפכו פעם שנית, ולבסוף שַׁלֵּשׁוּ – שפכו פעם שלישית [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שפעולה זו נועדה להגדיל ולהעצים את הנס, כדי שהעם יראה כיצד אש ה' יורדת ואוכלת הכול למרות המים הרבים. מעבר לכך, למים הייתה מטרה להתמודד עם טענות של כישוף. ידוע כי מעשי כשפים רגילים בטלים ואינם פועלים בסביבת מים. על ידי הצפת המזבח, אליהו הוכיח לעין כול שלא מדובר באחיזת עיניים. עם זאת, מכיוון שישנם כוחות טומאה גבוהים שאינם בטלים במים, אליהו נזקק בהמשך לתפילה עמוקה כדי שהעם לא יטעה לחשוב שמדובר בכישוף עצום [צוארי שלל]. הפרשנים מציינים כי אליהו יזם את יציקת המים מדעתו האישית מתוך ביטחון מוחלט בה', ולא מציווי אלוהי מפורש. משום כך, הוא הוצרך לאחר מכן להתפלל ולבקש רחמים כדי שה' אכן יסכים להוריד את האש [רלב"ג, אברבנאל].
המספרים בפסוק אינם מקריים וטומנים בחובם משמעויות סמליות. ארבעה כדים שניצוקו שלוש פעמים מצטברים לשנים עשר כדים בסך הכול. מספר זה מסמל את אחדותם של שנים עשר שבטי ישראל, בדומה לשתים עשרה האבנים שמהן בנה אליהו את המזבח [רד"ק, אברבנאל, אדרת אליהו]. שלוש הפעמים שבהן ניצוקו המים מכוונות כנגד שלושת האבות – אברהם, יצחק ויעקב [רד"ק]. בנוסף, המים מסמלים את התורה; שלוש היציקות רומזות לשלושת חלקי התנ"ך (תורה, נביאים וכתובים), וארבעת הכדים בכל פעם מרמזים לארבעת רובדי פרשנות התורה (פשט, רמז, דרש, סוד) [אדרת אליהו].
על פי תורת הסוד, יציקת המים נועדה להמשיך שפע של חסד אלוהי כדי למתק את מידת הדין. שלוש הפעמים שבהן נוצקו ארבעה כדים מכוונות כנגד שלושה משמותיו של ה', שכל אחד מהם מורכב מארבע אותיות [חומת אנך, צוארי שלל]. כמו כן, הפעולה נועדה לתקן את שלושת העולמות הרוחניים התחתונים (בריאה, יצירה ועשייה), שכל אחד מהם מורכב מארבעה רבדים [אדרת אליהו]. במקביל, הפעולה המשולשת נועדה לעורר ולהוריד את שפע המטר מהעולמות העליונים ביותר, דרך המלאכים, ועד לעולם הגשמי [מלבי"ם].
מעבר לרובד הסמלי והסודי, מובא במדרש כי בעת יציקת המים התרחש נס גלוי: אלישע הנביא הוא שיצק את המים על ידיו של אליהו, ואצבעותיו נעשו כמעיינות נובעים שמהם התמלאה כל התעלה סביב המזבח [רש"י, רד"ק].