יהונתן מבסס מערכת תקשורת חשאית כדי להעביר לדוד את כוונותיו של שאול, מבלי לעורר את חשדו של הנער שיתלווה אליו. הפרשנים מסכימים כי הפעולה נועדה להיראות כאימון שגרתי בקליעה בקשת, כאשר המילים שיצעק יהונתן לנער ישמשו כקוד סודי עבור דוד המסתתר.
הבחירה דווקא בשְׁלֹשֶׁת הַחִצִּים זוכה למספר הסברים. יש המבארים כי נדרשים שלושה חצים מסיבות מעשיות: החץ הראשון נורה כפתיחה, השני נועד לסמן את הקוד (קרוב או רחוק), והשלישי משמש כגיבוי למקרה שהחץ השני יחטיא את מטרתו [מצודת דוד]. הופעת ה"א הידיעה במילה הַחִצִּים נובעת מכך שהם מסמלים את שלושת הימים שבהם דוד מסתתר בשדה [רד"ק]. ברובד אלגורי, יש הרואים בחצים אלו מליצה ללשון הרע, המכונה במקורות "לשון תלתאי" (לשון משולשת שהורגת שלושה אנשים), ובכך יהונתן מרמז לדוד כיצד השפיעו חצי המלשינים על ליבו של שאול [מלבי"ם].
לגבי הפעולה צִדָּה אוֹרֶה, המילה אוֹרֶה משמעותה אשליך או אירה, ולְמַטָּרָה הוא היעד שאליו מכוונים הקשתים [מצודת ציון]. יהונתן מתכנן לירות את החצים אל צד האבן, תוך שהוא משתמש באבן עצמה כמטרה לאימון [רלב"ג, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. הירי מכוון דווקא הצידה ולא ישירות אל מקום המסתור, כדי שהנער לא יתקרב מדי ויגלה את דוד [מלבי"ם, רש"י]. מכיוון שאינם יכולים לשוחח פנים אל פנים מחשש שייראו, ההוראות שיינתנו לנער ללקט את החצים יהוו את הסימן לדוד אם עליו לברוח או להישאר [רד"ק, רש"י].
בקרב המפרשים מתקיים דיון דקדוקי סביב המילה צִדָּה. גישה אחת מסבירה כי האות ה"א בסוף המילה מחליפה את האות למ"ד בתחילתה, ולכן המשמעות היא "לצד" [רש"י]. אולם, יש החולקים על כך וטוענים שאילו המשמעות הייתה "לצד", ההטעמה במילה הייתה צריכה להיות בתחילתה (מלעיל), בעוד שכאן ההטעמה היא בסופה (מלרע) [מנחת שי]. בנוסף, מוסכם כי האות ה"א במילה זו היא רפה ונהגית בשקט על פי מסורת הקריאה, אף על פי שמבחינה דקדוקית היה ראוי שתהיה מודגשת (עם מפיק) כדי לציין "לצידה" של האבן [רד"ק, מנחת שי].