רגעי הפרידה בין דוד ויהונתן טעונים ברגש עז, ומבטאים את שיאה של חברות אמת העומדת בפני מבחן מציאות אכזר. לאחר השלמת סתר הסימנים, השניים נפגשים פנים אל פנים לרגע קצר וגורלי בטרם ייאלצו להיפרד.
הַנַּעַר בָּא – לאחר שנערו של יהונתן הלך ושב אל העיר [מצודת דוד, שטיינזלץ], הבין דוד כי השטח סביבם התפנה מאנשים זרים ויצא ממקום מחבואו [מצודת דוד, רד"ק]. וְדָוִד קָם מֵאֵצֶל הַנֶּגֶב – דוד קם מהצד הדרומי של "אבן האזל". הפרשנים מסבירים כי יהונתן ירה את החצים בכוונה לכיוון צפון, כדי שהנער לא יתקרב למקום המסתור של דוד בלקטו את החצים, וכך לא יגלה אותו [רש"י, מצודת דוד, רד"ק].
מיד לאחר מכן, וַיִּפֹּל לְאַפָּיו אַרְצָה וַיִּשְׁתַּחוּ שָׁלֹשׁ פְּעָמִים – דוד נפל על פניו [מצודת דוד] והשתחווה לאות תודה עמוקה ליהונתן [שטיינזלץ]. אופן ההשתחוויה מתואר כהתנהגות הראויה כלפי מלכים: דוד השתחווה פעם אחת ממקום יציאתו, פעם שנייה באמצע הדרך כשהתקרב, ופעם שלישית כאשר הגיע ממש אל יהונתן [אברבנאל]. יש המוצאים בכך גם רמז עתידי לשלושה דורות מזרע שאול שלא תאונה להם רעה [אהבת יהונתן].
וַיִּשְּׁקוּ אִישׁ אֶת רֵעֵהוּ וַיִּבְכּוּ אִישׁ אֶת רֵעֵהוּ – השניים נשקו זה לזה ובכו יחד [מצודת דוד] בשל קושי הפרידה העצום [מצודת דוד, אברבנאל], שכן הבינו שככל הנראה לא ייפגשו עוד לעולם [שטיינזלץ].
עַד דָּוִד הִגְדִּיל – הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשמעות הביטוי היא שדוד הרבה לבכות אף יותר מיהונתן. הסיבה לבכיו הגדול של דוד נובעת מההבנה המכאיבה שמעתה הוא נידון לחיי נדודים, קושי, סבל ורדיפות [שטיינזלץ]. מנגד, יש המסבירים כי דוד בכה בקול גדול וחזק מתוך פחד עצום מפני שאול, עד שיהונתן חשש שמישהו ישמע אותם. משום כך מיהר יהונתן לשלח אותו לשלום, תוך שהוא מזכיר לו כי למרות המרחק הפיזי שייווצר ביניהם, ה' יהיה קרוב אליהם ויהווה עד לעולם לאהבתם ולשבועתם [רלב"ג, מלבי"ם, אברבנאל].