יהונתן מתייצב מול אביו שאול ומגן על חייו של דוד, תוך שהוא מערער על הבסיס המוסרי וההלכתי לפסק דין המוות שגזר עליו המלך. טענתו של יהונתן מורכבת ממספר רבדים שונים.
הגישה הראשונה מתמקדת במישור ההשגחתי. הפרשנים [מצודת דוד, אברבנאל] מסבירים כי שאלתו של יהונתן מֶה עָשָׂה נועדה להבהיר שלדוד אין כל אשמה. אם ה׳ בחר להמליך את דוד, הרי שדוד עצמו לא עשה דבר כדי למרוד או לקחת את המלוכה בכוח. מכיוון שהוא פסיבי לחלוטין במהלך האלוהי הזה, אין בו שום חטא שבעטיו הוא ראוי לעונש מוות.
לצד זאת, נידון הפסוק גם במישור ההלכתי והמשפטי [חומת אנך]. שאול ראה בהיעדרותו של דוד מסעודת ראש החודש מעשה של מרידה. לפי גישה אחת, שאול סבר שדוד נעדר כדי להורות הלכה שסעודת ראש החודש אינה חובה מן התורה, ובכך חטא כשפסק הלכה בפני רבו. על כך משיב יהונתן בשתי טענות: תחילה הוא שואל לָמָּה יוּמַת בידי אדם, שהרי גם אם דוד אכן פסק הלכה בפני רבו, העונש על כך הוא מיתה בידי שמים ולא הוצאה להורג בידי בית דין או המלך. שנית, הוא שואל מֶה עָשָׂה, שכן דוד לא עשה שום מעשה בפועל, אלא רק נמנע מלהגיע, ועל חוסר מעשה אי אפשר להרשיעו.
גישה משפטית נוספת [חומת אנך] מציגה התנגשות בין ציווי המלך לבין נדר משפחתי. על פי פירוש זה, למשפחתו של דוד היה חג משפחתי קדום שנקבע בעקבות נס, והוא התנגש עם גזרות ציבוריות שגזר שאול. יהונתן, מתוקף סמכותו כראש בית דין, פסק לדוד שהנדר המשפחתי קודם לגזרת המלך והתיר לו ללכת. לכן יהונתן טוען כלפי שאול לָמָּה יוּמַת – הרי דוד פעל כדין, ומֶה עָשָׂה – הוא בסך הכל ציית להוראה ההלכתית שקיבל מיהונתן עצמו. גם אם יהונתן טעה בפסיקתו, דוד פטור לחלוטין מעונש מכיוון שפעל בתום לב על פי הוראת חכם.